工程结束后，结算部门或单位的选择是可以由相关方自行决定的，但需遵循一定的原则和程序。以下从不同角度为您详细分析：

1. 合同约定优先：

   • 在建设工程合同中，通常会明确约定结算的程序、方式以及负责结算的部门或单位。如果合同中有明确约定，那么相关方应当按照合同约定来执行，即按照合同指定的部门或单位进行结算。

2. 双方协商确定：

   • 如果合同中没有明确约定结算部门或单位，或者合同中的约定因某种原因无法执行，那么相关方可以通过协商来确定结算的部门或单位。这种协商应当基于平等、自愿、公平的原则，确保双方的权益得到保障。

3. 遵循行业惯例或规定：

   • 在建设工程领域，可能存在一些行业惯例或规定，对于结算部门或单位的选择有一定的指导作用。如果相关方在合同中没有约定，且无法通过协商达成一致，那么可以参考行业惯例或规定来确定结算的部门或单位。但需要注意的是，行业惯例或规定并非法律强制性规定，其适用性可能因地区、项目类型等因素而有所不同。

4. 法律后果与风险：

   • 如果相关方在结算部门或单位的选择上产生争议，且无法通过协商解决，那么可能会引发法律纠纷。在这种情况下，法院或仲裁机构会根据合同约定、双方协商情况、行业惯例或规定等因素来综合判断，并作出裁决。因此，相关方在选择结算部门或单位时，应当谨慎考虑，确保选择合法、合规、合理的部门或单位，以降低法律风险。

建议：

• 在签订建设工程合同时，应当明确约定结算的程序、方式以及负责结算的部门或单位，以避免后续争议。
• 如果合同中没有明确约定，或者约定无法执行，相关方应当及时通过协商来确定结算的部门或单位，并确保协商过程合法、合规、公平。
• 在选择结算部门或单位时，应当考虑其专业性、信誉度、服务质量等因素，以确保结算的准确性和效率性。

如果您在建设工程结算方面遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。