结论前置：项目经理有在建项目的情况，在特定条件下是可以被质疑的，且这种质疑可能基于法律法规、招标文件规定以及合同条款等多方面的依据。
一、法律法规层面
《注册建造师执业管理办法》：
- 该办法明确规定，注册建造师不得同时在两个及以上建设工程项目上担任施工单位项目负责人。这一规定直接限制了项目经理同时参与多个项目的可能性，为质疑项目经理有在建项目提供了法律依据。
《房屋建筑和市政基础设施项目工程总承包管理办法》：
- 类似地，该办法也规定工程总承包项目经理不得同时在两个或以上工程项目担任相应职务。这一规定同样适用于质疑项目经理有在建项目的情况。
二、招标文件规定层面
- 在许多招标项目中，招标文件会明确规定拟派项目经理在投标时不得有在建项目。这一规定旨在确保项目经理能够全身心投入新项目，避免精力分散导致的项目管理和质量问题。如果项目经理违反此规定参与投标，招标人有权质疑其投标资格，甚至取消其中标资格。
三、合同条款层面
- 如果发承包双方在施工合同中明确约定了关于项目经理在建工程的限制条款，那么项目经理违反这些条款的行为将构成违约。在这种情况下，发包人或相关方有权依据合同条款质疑项目经理的资格，并要求其承担相应的违约责任。
四、质疑的流程与后果
质疑流程：
- 如果发现项目经理有在建项目，相关方（如招标人、发包人等）应首先进行调查核实，确认在建项目的真实性及其对本项目的影响。
- 接着，与项目经理或其所属企业进行沟通，要求其就质疑事项作出书面解释，并提供合理说明。
- 如果沟通无果或解释不合理，相关方可以依据法律法规、招标文件规定或合同条款，正式提出质疑，并要求采取相应措施（如更换项目经理、取消中标资格等）。
质疑后果：
- 如果质疑成立，项目经理可能面临中标无效、罚款、限制参与招投标活动等行政处罚。
- 同时，项目经理及其所属企业还可能因违约行为而承担民事赔偿责任，如支付违约金、赔偿损失等。
- 此外，项目经理的违规行为还可能影响其个人职业声誉和未来职业发展。
五、建议与措施
- 对于招标人/发包人：在招标文件或合同中明确约定项目经理在建工程的限制条款，并在项目实施过程中加强监管和核查，确保项目经理的合规性。
- 对于项目经理/施工企业：在参与投标或承接项目前，仔细查询并确认项目经理的在建项目情况，避免违规行为带来的法律风险和经济损失。同时，加强内部管理，确保项目经理的执业行为符合法律法规和行业规范。
总结与提示：项目经理有在建项目的情况在特定条件下是可以被质疑的，且这种质疑可能基于多方面的依据。为确保合规性和降低法律风险，建议各方在项目实施过程中加强沟通、监管和核查工作。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。