结论：合同协议书规定在仲裁委员会仲裁的，一般情况下当事人不能直接在法院起诉。但在仲裁协议无效、仲裁裁决被撤销或不予执行等特殊情形下，当事人可以向法院提起诉讼。
一、仲裁协议有效时的处理
仲裁协议的效力：
- 根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，有效的仲裁协议具有排除法院管辖权的效力。这意味着，如果合同中的仲裁条款有效，当事人应当遵守该约定，将争议提交给约定的仲裁机构进行仲裁。
- 有效的仲裁条款应包含明确的请求仲裁的意思表示、具体的仲裁事项以及选定的仲裁委员会。例如，合同中明确写明“双方因本合同产生的一切争议，均提交[具体仲裁委员会名称]仲裁解决”，这样的仲裁条款通常是有效的。
法律后果：
- 如果一方违反仲裁协议向法院起诉，而另一方在法院首次开庭前提交仲裁协议的，法院应当驳回原告的起诉。这是因为仲裁协议是双方自愿达成的，应当得到尊重和执行。
二、仲裁协议无效时的处理
无效情形：
- 根据《中华人民共和国仲裁法》第十七条规定，仲裁协议在以下情形下无效：约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围的；无民事行为能力人或者限制民事行为能力人订立的仲裁协议；一方采取胁迫手段，迫使对方订立仲裁协议的。
- 如果仲裁协议对仲裁事项或者仲裁委员会没有约定或者约定不明确，且当事人无法达成补充协议，那么该仲裁条款也视为无效。
法律后果：
- 当仲裁条款无效时，当事人可以向法院提起诉讼来解决争议。此时，法院将依法受理案件，并按照诉讼程序进行审理。
三、仲裁裁决被撤销或不予执行时的处理
撤销或不予执行的情形：
- 根据《中华人民共和国仲裁法》第五十八条的规定，当事人提出证据证明裁决有下列情形之一的，可以向仲裁委员会所在地的中级人民法院申请撤销裁决：没有仲裁协议的；裁决的事项不属于仲裁协议的范围或者仲裁委员会无权仲裁的；仲裁庭的组成或者仲裁的程序违反法定程序的；裁决所根据的证据是伪造的；对方当事人隐瞒了足以影响公正裁决的证据的；仲裁员在仲裁该案时有索贿受贿，徇私舞弊，枉法裁决行为的。
- 如果仲裁裁决存在上述情形之一，或者人民法院认定该裁决违背社会公共利益的，人民法院应当裁定撤销或不予执行仲裁裁决。
法律后果：
- 仲裁裁决被依法撤销或不予执行后，当事人可以就同一纠纷向人民法院提起诉讼。此时，法院将依法受理案件，并按照诉讼程序进行审理。
四、实际操作建议
审查仲裁协议的有效性：
- 在处理涉及仲裁协议的纠纷时，当事人应首先审查仲裁协议的有效性。如果仲裁协议有效，则应依约通过仲裁解决纠纷；如果仲裁协议无效或存在其他特定情形，则可以考虑向法院提起诉讼。
咨询专业律师：
- 由于仲裁和诉讼都是复杂的法律程序，涉及众多法律条款和程序规定，因此建议当事人在遇到复杂或不确定的法律问题时，直接向我咨询以获取更准确的法律意见和指导。
总结：合同协议书规定在仲裁委员会仲裁的，一般情况下当事人应遵守仲裁协议的约定，通过仲裁解决纠纷。但在仲裁协议无效、仲裁裁决被撤销或不予执行等特殊情形下，当事人可以向法院提起诉讼以维护自身权益。在处理涉及仲裁协议的纠纷时，建议当事人仔细审查仲裁协议的有效性，并根据实际情况选择合适的纠纷解决方式。