结论前置：如果员工因未签劳动合同而申请劳动仲裁，作为用人单位，若自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同，仲裁庭一般会裁决你向劳动者每月支付二倍的工资。不过，具体结果还需根据实际情况和证据来判定。以下是从多个角度为你详细分析的情况和建议：
一、法律责任与后果
双倍工资支付：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十二条，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。这意味着，如果员工工作了几个月而未签合同，你可能需要支付几个月的双倍工资差额。
补签劳动合同：
- 除了支付双倍工资外，你还需要与员工补签书面劳动合同，以符合法律规定。如果自用工之日起满一年未与劳动者订立书面劳动合同，则视为自用工之日起满一年的当日已经与劳动者订立无固定期限劳动合同，应当立即与劳动者补订书面劳动合同。
可能的行政处罚：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第九十八条，用人单位违反本法规定的条件解除劳动合同或者故意拖延不订立劳动合同的，由劳动行政部门责令改正；对劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。虽然这主要针对的是故意拖延不订立劳动合同的情况，但未签合同也可能被视为一种违规行为，从而面临行政处罚的风险。
二、应对策略与建议
核实仲裁请求及证据：
- 认真核查员工的仲裁请求，包括双倍工资差额、支付拖欠工资及加班费等。仔细分析员工提交的证据，如工资支付记录、工作证、考勤记录等，评估其证明力。这有助于你了解员工的诉求和证据情况，为后续的应对做好准备。
梳理相关事实与证据：
- 确认劳动关系存续时间，收集考勤记录、工作成果交付记录、工资发放记录等证据。核查未签合同原因，若是员工方面导致（如拒绝签订），收集书面通知、沟通记录、证人证言等证据。这些证据将有助于你在仲裁过程中证明自己的立场和理由。
尝试协商和解：
- 在法律框架内尝试与员工沟通，寻求和解方案。例如，可以协商支付一定补偿以解决纠纷，避免仲裁和诉讼带来的时间和成本消耗。如果员工申请仲裁的时间已超出《劳动争议调解仲裁法》规定的一年时效期，这也可以作为抗辩点之一。
积极参与仲裁程序：
- 如果协商无果，你需要积极参与仲裁程序。按时提交答辩材料，针对员工的仲裁请求逐一回应和反驳，阐明公司立场和理由。按时参加庭审，公司法定代表人或委托代理人应出庭应诉，维护公司合法权益。在庭审过程中有序出示公司收集和整理的相关证据，并清晰说明证据的来源、内容和证明目的。
完善劳动管理制度：
- 无论仲裁结果如何，你都应该借此机会完善劳动管理制度。建立健全劳动合同签订管理制度，明确签订流程和责任部门，确保新员工入职时及时签订书面劳动合同。定期组织管理人员和人力资源部门工作人员参加劳动法律法规培训，提高法律意识和风险防范能力。
三、特殊情况与注意事项
如果员工存在过错：如果未签劳动合同是由于员工方面的过错导致的（如拒绝签订、提供虚假信息等），你需要收集相关证据以证明这一点。在仲裁过程中，这些证据将有助于你减轻或免除法律责任。
如果已支付双倍工资：如果你已经以其他形式（如奖金、津贴等）支付了双倍工资的一部分或全部，你需要在仲裁过程中提供相关证据以证明这一点。这有助于避免重复支付双倍工资的风险。
关注仲裁时效：根据《劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。你需要关注员工申请仲裁的时间是否已超出这一时效期，如果已超出，你可以作为抗辩点之一。
作为用人单位，面对员工因未签劳动合同而申请的劳动仲裁，你应该积极准备证据、明确责任归属、尝试协商和解，并在必要时积极参与仲裁程序。同时，你也应该借此机会完善劳动管理制度，提高法律意识和风险防范能力。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。