结论：员工因生病未做到三个月而辞职，老板不能因此克扣工资。员工有权获得其实际工作期间应得的工资报酬。
分析说明：
劳动合同的解除与工资支付：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者有权在提前通知的情况下解除劳动合同，且用人单位应当支付劳动者实际工作期间的工资报酬。老板提出的“入职要做三个月才可以辞职”的要求，并非法律强制规定，而是双方可以协商的内容。若双方未就此达成特别约定，或该约定违反法律法规的强制性规定，则该约定无效。
- 在员工因生病等合理原因无法继续工作的情况下，员工有权提前解除劳动合同，并要求用人单位支付实际工作期间的工资。
工资支付的具体规定：
- 工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位应当按照劳动合同约定的工资标准，以及劳动者实际提供劳动的时间来支付工资。
- 若员工因生病等原因提前辞职，用人单位应当根据员工实际工作的天数或小时数，按照约定的工资标准计算并支付工资。
员工权益保护：
- 若老板拒绝支付员工实际工作期间的工资，员工可以向当地劳动监察部门投诉，或者依法申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 在投诉或申请劳动仲裁时，员工需要提供相关证据，如劳动合同、工作记录、工资条等，以证明自己的工作情况和工资标准。
行动建议：
- 与老板协商：首先，建议员工与老板进行友好协商，明确说明自己的情况，并要求老板支付实际工作期间的工资。
- 收集证据：若协商无果，员工应开始收集相关证据，如劳动合同、工作记录、工资条、医疗证明等，以备后续投诉或申请劳动仲裁之用。
- 投诉或申请劳动仲裁：若老板仍然拒绝支付工资，员工可以向当地劳动监察部门投诉，或者依法向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。
特殊场景：
- 若员工与老板在劳动合同中明确约定了“入职要做三个月才可以辞职”的条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么员工在未满三个月的情况下辞职，可能会面临一定的违约责任。但即便如此，老板也不能因此克扣员工实际工作期间的工资。员工仍应获得其应得的工资报酬，而违约责任则可能通过其他方式（如支付违约金）来承担。不过，在实际操作中，这种“入职期限”的约定往往被视为不合理条款，难以得到法律的支持。
计算公式（若涉及具体工资计算）：
- 假设员工月工资为W元，实际工作天数为D天，月工作天数为M天（通常按21.75天计算，但具体可能因公司而异）。
- 则员工应得工资为：\(W \times \frac{D}{M}\) 元。
后续思考：
- 员工在入职时，应仔细阅读劳动合同条款，特别是关于工资支付、劳动合同解除等方面的约定，以确保自己的权益得到保障。
- 若遇到老板克扣工资等违法行为，员工应勇敢站出来维护自己的权益，通过合法途径寻求帮助和解决。
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