核心结论：公司因解除合作协议导致员工损失的赔偿问题，需根据解除原因、协议性质及法律规定综合判断，具体赔偿方式及范围需分情况讨论。以下为详细分析：
1. 若合作协议属于劳动合同范畴
- 解除合法性审查：若公司解除劳动合同符合《劳动合同法》第39条（如员工严重违纪）、第40条（如不能胜任工作）或第41条（经济性裁员）规定，且程序合法，则无需支付赔偿金，但需支付经济补偿金（N或N+1，具体根据解除情形）。
- 违法解除的赔偿：若公司违法解除（如无合法理由或程序违法），员工可主张赔偿金，标准为经济补偿金的2倍（即2N）。
- 其他损失赔偿：若因解除导致员工实际损失（如未报销费用、未结算奖金等），员工可要求公司赔偿，但需举证损失存在及与公司解除行为的因果关系。
2. 若合作协议属于民事合同范畴（如劳务合同、项目合作协议）
- 合同约定优先：若协议中明确约定了解除条件及赔偿方式，则按合同约定执行。例如，协议可能约定“一方提前解除需支付违约金”或“赔偿对方因此遭受的直接损失”。
- 法定赔偿范围：若协议未约定或约定不明，则根据《民法典》第577条（违约责任）及第584条（损失赔偿范围），公司需赔偿员工因解除协议而遭受的实际损失，包括直接损失（如已投入的成本）和可得利益损失（如预期收益，但需以合理预见为限）。
- 过错分担原则：若解除系因双方过错导致（如员工未履行合同义务），则可能根据过错程度分担损失。
3. 特殊情形：协议性质模糊或混合合同
- 协议性质认定：若合作协议兼具劳动合同与民事合同特征（如长期劳务合作且受公司管理），可能被认定为劳动合同，适用劳动法规定；若更侧重平等主体间的合作，则可能适用民法规定。需结合协议内容、实际履行情况及双方关系综合判断。
- 举证责任分配：员工需证明解除行为与损失之间的因果关系，以及损失的具体金额（如提供发票、合同、银行流水等证据）。
建议行动
- 审查协议文本：明确协议性质及解除条款，确定赔偿依据。
- 收集证据：整理与损失相关的证据（如工资单、费用报销单、项目合同等）。
- 协商或诉讼：优先与公司协商赔偿；协商不成，可向劳动仲裁委（若属劳动争议）或法院提起诉讼。
提示：赔偿金额及方式需结合具体案情分析，建议提供协议文本及解除通知等材料，以便进一步评估。如有疑问，可直接向我咨询。