结论前置：
- 员工的年假未申请休假，一般不会直接作废。具体是否作废，需根据公司的规章制度、劳动合同中的约定以及实际情况来判断。
- 员工离职时，仍有权主张其未休的年假。若公司未安排休假且未支付相应补偿，员工有权要求公司支付应休未休年休假的工资报酬。
详细分析：
一、年假未申请休假是否会作废
公司规章制度与劳动合同：
- 首先，需查看公司的规章制度以及劳动合同中是否有关于年假作废的具体规定。若公司有明确规定，且该规定不违反法律法规的强制性规定，则按照公司规定执行。
- 若公司规章制度或劳动合同中未明确规定年假作废的情况，则年假一般不会因未申请而直接作废。
法律法规规定：
- 根据《职工带薪年休假条例》第五条，单位确因工作需要不能安排职工休年休假的，经职工本人同意，可以不安排职工休年休假，但对职工应休未休的年休假天数，单位应当按照该职工日工资收入的300%支付年休假工资报酬。
- 这意味着，即使员工未申请休假，公司也不能单方面决定年假作废，而应支付相应的补偿。
实际情况判断：
- 在实际操作中，若员工因个人原因未申请休假，且公司未主动安排休假，双方可协商处理。若协商一致，员工可能放弃年假或接受公司支付的正常工资作为补偿。
- 但若公司未安排休假且未支付补偿，则员工有权要求公司支付应休未休年休假的工资报酬。
二、员工离职时是否有权主张未休的年假
法律法规支持：
- 根据《职工带薪年休假条例》及相关规定，员工在离职时，若存在未休的年假，公司应支付相应的年休假工资报酬。
- 这是员工的合法权益，公司不得以任何理由剥夺。
主张方式：
- 员工在离职时，可与公司协商要求支付未休年假的工资报酬。
- 若协商无果，员工可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付应休未休年休假的工资报酬。
- 对仲裁结果不服的，员工还可向人民法院提起诉讼，进一步维护自己的合法权益。
注意事项：
- 员工在主张未休年假的工资报酬时，应提供相关证据证明自己存在未休的年假，如考勤记录、休假申请记录等。
- 同时，员工也应注意时效问题，及时主张自己的权益，避免超过法定时效而丧失胜诉权。
法律建议：
对于员工：
- 在离职前，应仔细核对自己的年假情况，确保未休的年假得到妥善处理。
- 若公司未安排休假且未支付补偿，应及时与公司协商或寻求法律援助，维护自己的合法权益。
对于公司：
- 应遵守相关法律法规，合理安排员工的年休假，或依法支付相应的补偿。
- 在制定公司规章制度或劳动合同时，应明确年假的相关规定，避免产生不必要的纠纷。
总结：员工的年假未申请休假一般不会直接作废，具体需根据公司的规章制度、劳动合同以及实际情况来判断。员工离职时，仍有权主张其未休的年假，并要求公司支付相应的年休假工资报酬。若遇到相关问题，建议及时咨询专业律师或寻求法律援助。