在劳务派遣这一特殊的用工形式中，劳动关系的认定确实是一个需要细致考量多方面因素的过程。针对您提出的“劳务派遣工资由用工单位发放，劳动关系怎么认定”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、劳动关系认定的核心依据
在劳务派遣中，劳动关系的认定主要依据劳务派遣单位与劳动者签订的劳动合同。这份合同是确立双方劳动关系的基础，它详细规定了双方的权利和义务，包括派遣期限、工作岗位、劳动报酬、社会保险等关键内容。因此，劳动合同是认定劳动关系最直接、最核心的证据。
二、工资支付与劳动关系认定的关系
虽然在实际操作中，劳务派遣的工资可能由用工单位直接发放给劳动者，但这并不改变劳务派遣单位与劳动者之间的劳动关系。因为：
合同约定：劳务派遣单位与劳动者签订的劳动合同中，通常会明确约定工资支付的方式和主体。即使工资由用工单位发放，这也是基于劳务派遣单位与用工单位之间的协议安排，并不影响劳务派遣单位作为用人单位的法律地位。
法律义务：劳务派遣单位作为用人单位，有义务按时足额支付劳动者的工资，并为其缴纳社会保险费。这是法律对劳务派遣单位的基本要求，也是认定其与劳动者之间存在劳动关系的重要依据。
实际用工情况：虽然用工单位实际使用劳动者的劳动，但劳动者仍需遵循劳务派遣单位与用工单位共同确定的工作安排和规章制度。用工单位对劳动者的管理监督，并不改变劳务派遣单位与劳动者之间的劳动关系。
三、认定劳动关系的其他证据材料
除了劳动合同外，以下证据材料也有助于认定劳务派遣中的劳动关系：
劳务派遣协议：劳务派遣单位与用工单位之间签订的协议，虽然主要约束双方的权利义务，但为认定劳动关系提供了背景信息和法律依据。
工资支付凭证：如银行工资流水、工资条等，证明劳动者与劳务派遣单位之间的经济从属关系。
社会保险缴纳记录：显示由劳务派遣单位为劳动者缴纳社会保险，这是劳动关系认定的重要辅助依据。
其他证据材料：如工作证、考勤记录、员工手册、与工作相关的电子文本、邮件通知、录音录像等，以及同事证言、个税完税证明、暂住证等辅助证据。
四、实践案例与法律保护
以实际案例为例，假设劳动者小张与A劳务派遣公司签订了劳动合同，并被派遣至B公司工作。虽然小张的工资由B公司发放，但根据劳动合同的约定和法律的规定，小张与A劳务派遣公司之间仍存在劳动关系。如果发生劳动争议，小张可以向劳动争议仲裁机构或人民法院申请确认劳动关系，并提交相关证据材料进行裁决。
五、总结与建议
综上所述，劳务派遣中的劳动关系认定主要依据劳务派遣单位与劳动者签订的劳动合同，同时考虑实际用工情况、工资支付、社会保险缴纳等因素。在争议解决中，应依法依规进行，确保劳动者的合法权益不受侵害。
建议：对于劳动者而言，在签订劳务派遣合同时，应仔细阅读合同条款，明确自己的权利和义务；同时，保留好与工作相关的各类证据材料，以备不时之需。如果发生劳动争议，应及时向劳动争议仲裁机构或人民法院申请确认劳动关系，并提交相关证据材料进行裁决。