在劳务派遣这一特殊用工形式中，劳动关系的认定确实是一个需要细致考量多方面因素的过程。针对您提出的“劳动派遣单位和用工单位同时支付过工资，如何认定劳动关系”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

一、劳动关系认定的核心原则

首先，我们要明确的是，劳务派遣中的劳动关系认定主要依据的是劳务派遣单位与劳动者签订的劳动合同。这份合同是认定双方存在劳动关系的最直接、最核心的证据。它详细载明了双方的信息、派遣期限、工作岗位、劳动报酬等关键内容，为劳动关系的认定提供了明确的法律依据。

二、工资支付与劳动关系认定的关系

在劳务派遣中，虽然工资可能由劳务派遣单位和用工单位共同支付（这种情况较为特殊，通常工资应由劳务派遣单位统一支付），但这并不改变劳动关系认定的基本原则。即，无论工资如何支付，只要劳务派遣单位与劳动者签订了书面劳动合同，并承担了用人单位的法定义务（如支付工资、缴纳社保等），那么双方之间就存在劳动关系。

1. 劳务派遣单位的义务：

   • 劳务派遣单位作为用人单位，有义务按时足额支付被派遣劳动者的工资，无论这部分工资是否由用工单位直接支付或参与支付。
   • 劳务派遣单位还需为被派遣劳动者缴纳各项社会保险费，这是其作为用人单位的法定义务。

2. 用工单位的角色：

   • 用工单位虽然实际使用被派遣劳动者的劳动，但并不因此与劳动者建立直接的劳动关系。
   • 用工单位可能根据劳务派遣协议的约定，向劳务派遣单位支付一定的费用，用于支付被派遣劳动者的工资或社保等，但这并不改变劳务派遣单位与劳动者之间的劳动关系。

三、认定劳动关系的综合考量因素

在认定劳务派遣中的劳动关系时，除了劳动合同外，还需综合考虑以下因素：

1. 实际用工情况：

   • 被派遣劳动者的实际工作场所、工作内容、管理监督等均是判断劳动关系的重要依据。
   • 如果被派遣劳动者长期在用工单位工作，接受其考勤、考核等管理，但这并不改变其与劳务派遣单位之间的劳动关系。

2. 工资及社保支付记录：

   • 工资支付记录和社会保险缴纳记录是认定劳动关系的关键证据。
   • 即使工资由用工单位直接支付或参与支付，但只要劳务派遣单位承担了最终的支付责任（如通过转账、代发等方式），并缴纳了社会保险费，那么劳动关系仍然归属于劳务派遣单位与劳动者之间。

3. 其他证据材料：

   • 如工作证、考勤记录、员工手册、社保缴纳记录、与工作相关的电子文本、邮件通知、录音录像等，这些都能为劳动关系的认定提供辅助证据。

四、争议解决与法律保护

如果在劳动关系认定过程中发生争议，劳动者可以向劳动争议仲裁机构或人民法院申请确认劳动关系。在提交申请时，劳动者应提供相关证据材料，如劳动合同、工资支付凭证、社保缴纳记录等，以便仲裁机构或法院进行综合判断。

五、具体案例分析

以您提到的情况为例，如果劳动派遣单位和用工单位同时支付过工资，但劳动者与劳务派遣单位签订了书面劳动合同，且劳务派遣单位承担了用人单位的法定义务（如支付工资、缴纳社保等），那么无论工资如何支付，劳动者与劳务派遣单位之间仍然存在劳动关系。用工单位虽然参与了工资支付，但并不因此与劳动者建立直接的劳动关系。

综上所述，劳务派遣中的劳动关系认定是一个综合考量多方面因素的过程。在认定时，应坚持以劳动合同为核心，同时结合实际用工情况、工资及社保支付记录等证据材料进行综合判断。在争议解决中，应依法依规进行，确保劳动者的合法权益得到保护。