自离员工二次进厂是否能被查出来，这主要取决于原用人单位的管理方式、信息保存情况以及新用人单位的招聘流程和核查力度，不能一概而论。以下从几个不同角度进行分析：
原用人单位的信息保存情况：
- 如果原用人单位有完善的人力资源管理系统，并且对员工的离职信息进行了详细记录和长期保存，那么当该员工再次申请入职时，新用人单位在通过背景调查或要求提供原单位离职证明等方式进行核查时，就有可能发现该员工曾有过自离的情况。
- 相反，如果原用人单位没有保存详细的离职记录，或者记录已经丢失或损坏，那么新用人单位在核查时可能就无法获取到该员工自离的信息。
新用人单位的招聘流程和核查力度：
- 一些新用人单位在招聘过程中会进行严格的背景调查，包括联系原用人单位核实员工的工作经历、离职原因等。在这种情况下，如果原用人单位提供了该员工自离的信息，新用人单位就会得知。
- 然而，也有一些新用人单位可能由于招聘流程简化、时间紧迫或成本考虑等原因，没有进行深入的背景调查，或者只是进行了形式上的核查。在这种情况下，自离员工二次进厂可能就不容易被查出来。
员工自身的隐瞒和欺骗行为：
- 如果自离员工在二次进厂时故意隐瞒或欺骗新用人单位，比如提供虚假的离职证明或工作经历等，那么新用人单位在初始阶段可能无法发现其自离的情况。
- 但这种行为存在很大的法律风险，一旦被新用人单位发现，员工可能面临被解雇、赔偿损失等法律后果。
法律建议：
- 对于自离员工而言，诚实和透明是建立良好职业声誉的基础。即使曾经有过自离的情况，也应该在二次进厂时如实告知新用人单位，并解释清楚原因和情况。这样不仅可以避免未来的法律风险，还有助于建立与新用人单位之间的信任和合作关系。
- 对于新用人单位而言，在招聘过程中应该进行严格的背景调查，确保所招聘的员工具有良好的职业操守和诚信记录。这不仅可以降低用工风险，还有助于提高企业的整体运营效率和团队凝聚力。
可能后果：
- 如果自离员工在二次进厂时被新用人单位发现其自离的情况，并且新用人单位对此持负面态度，那么员工可能会面临被解雇的风险。
- 如果员工在二次进厂时提供了虚假的离职证明或工作经历等，一旦被新用人单位发现，员工还可能需要承担赔偿损失等法律责任。
综上所述，自离员工二次进厂是否能被查出来并没有一个确定的答案，而是取决于多种因素的综合作用。因此，建议员工在职业发展过程中保持诚实和透明，用人单位在招聘过程中进行严格的背景调查。如果有任何具体的法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。