结论：公司没有业务时以社保公积金为由扣减底薪的行为，通常不合法。具体需结合劳动合同约定、地方性法规及公司制度综合判断。以下从不同角度展开分析：
一、从劳动合同角度分析
底薪属于劳动合同约定的固定劳动报酬
根据《劳动合同法》第17条，劳动合同应当明确约定劳动报酬条款。若合同中明确约定了底薪金额，且未附加“无业务时扣减”等条件，则公司无权单方面扣减。即使公司因经营困难暂停业务，也应通过协商变更合同（如调整薪酬结构），而非直接扣减。
扣减行为可能构成“未及时足额支付劳动报酬”
若公司扣减底薪导致劳动者实际收入低于当地最低工资标准，或未按照合同约定支付，劳动者可依据《劳动合同法》第38条主张被迫解除劳动合同，并要求公司支付经济补偿金（N倍月工资）。
二、从社保公积金缴纳义务角度分析
社保公积金缴纳基数与底薪无关
根据《社会保险法》及《住房公积金管理条例》，社保公积金的缴纳基数应为劳动者上一年度月平均工资（含奖金、津贴等），而非单纯以底薪为标准。公司不得以“无业务”为由降低缴纳基数，更不得将社保公积金费用转嫁至劳动者工资中扣除。
公司承担社保公积金的主体责任
社保公积金的缴纳义务主体是公司，而非劳动者。即使公司经营困难，也应通过申请缓缴（需符合地方政策条件）或调整经营策略解决，而非直接扣减劳动者工资。若公司强制扣减，劳动者可向当地社保部门或公积金管理中心投诉，要求公司补缴并承担滞纳金。
三、从地方性法规及司法实践角度分析
部分地区明确禁止“无业务扣减工资”
例如，《广东省工资支付条例》第35条规定，非因劳动者原因造成用人单位停工、停产，未超过一个工资支付周期（最长三十日）的，用人单位应按劳动合同约定的标准支付工资；超过一个周期的，可按不低于当地最低工资标准的80%支付生活费。此类规定直接限制了公司扣减工资的合法性。
司法实践中倾向保护劳动者权益
在类似纠纷中，法院通常认为：公司经营风险不应由劳动者承担，除非劳动合同或规章制度明确约定“无业务时扣减工资”且经劳动者签字确认，否则公司扣减行为缺乏合法依据。
四、给劳动者的建议
核查劳动合同及公司制度
确认合同中是否约定了底薪及扣减条件，公司制度是否经民主程序制定并公示。若未约定或程序违法，扣减行为无效。
保留证据并主张权益
保存工资条、考勤记录、社保缴纳记录等证据，通过与公司协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等方式维权。若扣减后工资低于最低标准，可同时主张经济补偿金。
谨慎签署文件
若公司要求签署“自愿扣减工资”等文件，务必拒绝或咨询律师，避免因签署文件丧失维权依据。
总结：公司无业务时扣减底薪的行为，通常违反劳动合同约定及劳动法规定。劳动者应结合自身情况，通过合法途径主张权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作方案。