结论：在拆迁时父亲将户主改为儿子，且拆迁协议由儿子签名的情况下，父亲一般不能直接要回已签订的拆迁协议或相关权益，但具体能否要回还需根据实际情况和法律规定来判断。以下从不同角度进行分析：
一、拆迁协议的法律效力
拆迁协议是拆迁方与被拆迁方（在此情况下为儿子）之间就拆迁补偿、安置等事宜达成的协议，具有法律效力。一旦协议签订，双方均应按照协议内容履行各自的义务。因此，从协议的法律效力来看，父亲作为非协议签订方，一般不能直接要求撤销或变更协议。
二、户主变更的法律意义
户主变更的效力：户主变更通常意味着家庭内部对户主身份的重新确认，但并不直接改变家庭成员之间的财产关系。在拆迁过程中，户主变更可能影响拆迁补偿的领取方式，但并不改变拆迁补偿的归属。
拆迁补偿的归属：拆迁补偿通常是根据被拆迁房屋的产权情况、家庭成员情况等因素综合确定的。如果房屋产权属于父亲，但户主已变更为儿子，且拆迁协议由儿子签名，那么拆迁补偿的归属可能需要根据具体情况来判断。如果父亲能够证明拆迁补偿应归其所有（例如，通过提供房屋产权证明、家庭内部协议等证据），则可能通过法律途径主张自己的权益。
三、父亲能否要回拆迁权益的可能情况
存在欺诈、胁迫等情形：如果儿子在签订拆迁协议时存在欺诈、胁迫等情形，导致父亲权益受损，父亲可以依法向法院提起诉讼，要求撤销或变更拆迁协议。
家庭内部协议：如果父亲与儿子之间存在家庭内部协议，明确约定拆迁补偿的归属或分配方式，且该协议不违反法律法规的强制性规定，那么父亲可以根据协议内容主张自己的权益。
其他特殊情况：如儿子未履行赡养义务、存在其他违法行为等，父亲也可能根据相关法律法规和家庭情况，通过法律途径主张自己的权益。但这种情况需要具体分析，且通常需要提供充分的证据来支持自己的主张。
四、法律建议
收集证据：如果父亲认为自己的权益受到侵害，应首先收集相关证据，如房屋产权证明、家庭内部协议、拆迁协议等，以证明自己的主张。
咨询专业律师：由于拆迁纠纷涉及复杂的法律关系和证据收集，建议父亲咨询专业律师，以便更准确地了解自己的权益和可能的法律途径。
协商解决：在可能的情况下，父亲可以与儿子进行协商，尝试通过友好方式解决纠纷。如果协商无果，再考虑通过法律途径解决。
总结：父亲在拆迁时将户主改为儿子，且拆迁协议由儿子签名的情况下，一般不能直接要回已签订的拆迁协议或相关权益。但具体能否要回还需根据实际情况和法律规定来判断。如果父亲认为自己的权益受到侵害，应收集相关证据并咨询专业律师，以便更准确地了解自己的权益和可能的法律途径。