当遇到宅基地纠纷且已经签过协议但对方不认的情况，您可以按照以下详细步骤来处理：
一、明确纠纷性质与证据收集
确认协议有效性：
- 首先，您需要仔细审查宅基地协议，确保它符合相关法律法规的要求。比如，协议是否经过了合法的审批程序，是否没有侵犯集体土地的所有权等。
- 确认协议内容是否明确无误，包括宅基地的具体位置、面积、使用期限等关键条款，这些都是后续维权的重要依据。
收集证据材料：
- 保留好协议的原件以及所有相关的书面文件，如补充协议、往来函件等。
- 收集能够证明您已经履行协议的证据，比如付款凭证、建设投入记录等。
- 同时，也要收集对方违约的证据，如对方未按照协议交付宅基地、擅自改变宅基地用途等。
- 如果协议中有口头约定或后续有变更，尽量通过录音、证人证言等方式来固定这些证据。
二、尝试协商解决
主动沟通：
- 您可以先尝试通过电话、面谈等方式与对方进行沟通，明确指出其违约行为，并要求对方履行协议义务。
- 在沟通过程中，可以邀请村委会成员或德高望重的村民参与调解，这样可以增强协商的公信力，有助于双方达成和解。
制定解决方案：
- 根据实际情况，您可以提出一些补偿方案，如延期履行、支付违约金等。但需要注意的是，这些方案必须符合法律规定和公平原则，不能损害任何一方的合法权益。
三、申请行政调解或裁决
向乡镇政府申请调解：
- 如果协商无果，您可以依据《土地管理法》的相关规定，向所在乡镇人民政府提交书面调解申请。
- 在调解过程中，要注意保留好调解笔录、协议书等文书，这些将作为后续维权的重要依据。
申请行政裁决：
- 如果调解仍然未能解决问题，您可以要求乡镇政府对宅基地权属争议作出处理决定。根据法律规定，这类决定具有法律效力，可以作为后续诉讼的依据。
四、提起民事诉讼
准备诉讼材料：
- 如果行政调解或裁决未能满足您的诉求，您可以考虑向法院提起民事诉讼。在起诉前，需要撰写起诉状，明确您的诉求，如确认协议效力、要求对方继续履行协议或赔偿损失等。
- 同时，按照被告人数+1份的标准准备证据副本，并制作详细的证据清单。
选择管辖法院：
- 一般来说，您可以向被告住所地的基层人民法院提起诉讼。但如果涉及不动产专属管辖，如宅基地纠纷，则应向宅基地所在地的法院起诉。
参与庭审程序：
- 在庭审过程中，您需要按时参加，配合法庭的调查、举证质证等环节。
- 为了更好地维护自己的权益，建议您提前咨询律师，了解诉讼的风险点，并在必要时聘请专业代理人协助您处理诉讼事务。
五、执行阶段注意事项
申请强制执行：
- 如果您取得了胜诉判决，但对方未在履行期内执行判决内容，您可以在2年内向法院申请强制执行。
- 在执行过程中，您需要提供被执行人的财产线索，如银行账户、房产信息等，以便法院能够顺利执行判决。
应对执行异议：
- 如果对方提出执行异议，您需要及时提交反驳证据，并配合法院进行审查。在这个过程中，保持与法院的沟通联系，确保您的权益得到充分保障。
希望以上步骤能够对您有所帮助。在处理宅基地纠纷时，请务必保持冷静和理性，依法维护自己的合法权益。