针对隐瞒多年的宅基地协议纠纷，核心处理方式需结合纠纷具体情况，分以下步骤进行妥善解决：

一、先明确纠纷性质：协议效力是关键

宅基地协议纠纷的核心争议点，往往是协议本身的法律效力。根据《民法典》及《土地管理法》，宅基地使用权属于农村集体所有，村民仅享有使用权，且转让需满足“同一集体经济组织成员+符合宅基地分配条件+已依法审批”等条件。若协议存在以下情形，可能被认定无效：

1. 主体不合格：如转让方非宅基地使用权人，或受让方非本集体经济组织成员；
   
2. 内容违法：如协议约定“永久转让”“买卖宅基地”等违反法律强制性规定；
   
3. 程序瑕疵：如未经村委会同意、未办理宅基地使用权变更登记（部分地区要求）。
   

建议：先梳理协议签订时的主体、内容、程序，判断是否存在无效情形。若协议无效，双方需返还财产（如已建房屋需折价补偿），有过错方需赔偿损失；若协议有效，则按约定履行或协商变更。

二、收集证据：时间久更要“补课”

隐瞒多年的纠纷，证据可能因时间久远而缺失，但仍有补救空间：

1. 书面证据：寻找原始协议、付款凭证、村委会审批文件、宅基地使用权证等；
   
2. 证人证言：联系当年知情村民、村委会成员，证明协议签订及履行情况；
   
3. 现场证据：拍摄宅基地现状照片、视频，证明房屋建设、使用情况；
   
4. 其他证据：如通话录音、短信、微信记录等，证明双方对协议的认可或争议。
   

提醒：若证据不足，可申请法院调查取证（如调取村委会档案），或通过“自认规则”（如对方在协商中承认协议内容）补充证据。

三、协商或诉讼：选择最适合的解决路径

1. 协商优先：若双方仍有沟通可能，可邀请村委会、乡镇司法所介入调解，签订书面调解协议并申请司法确认（具有强制执行力）；
   
2. 诉讼兜底：若协商无果，需在知道权利受损之日起3年内起诉（最长诉讼时效20年，但需证明期间曾主张权利）。诉讼中需明确诉求（如确认协议效力、返还财产、赔偿损失等），并围绕证据组织辩论。
   

注意：若宅基地已登记在他人名下，需先通过行政诉讼撤销错误登记，再解决民事纠纷；若涉及继承，需确认继承人范围及份额。

四、特殊情形：隐瞒与欺诈的认定

若一方故意隐瞒宅基地存在权属争议（如已抵押、被查封）、未告知受让方不符合受让条件等，可能构成欺诈。根据《民法典》，受欺诈方有权请求撤销协议，并要求赔偿损失。但需在知道撤销事由之日起1年内行使撤销权。

总结：宅基地协议纠纷需先判断协议效力，再收集证据，最后选择协商或诉讼解决。时间久并非障碍，关键在于证据是否充分、诉求是否合理。若您有具体协议内容或纠纷细节，可直接向我咨询，我会结合实际情况为您制定解决方案。