结论：工伤两个多月后补差费被扣13000元是否合理，不能一概而论，需要结合具体情况来判断。以下从多个角度进行分析：

1. 补差费的性质与计算依据：

   • 补差费通常指的是工伤职工在停工留薪期间，因原工资福利待遇与工伤保险待遇之间的差额而获得的补偿。其计算依据主要是工伤职工的原工资福利待遇和工伤保险待遇的具体数额。
   • 如果补差费的计算是基于合理的原工资福利待遇和工伤保险待遇，且扣除的13000元有明确的法律依据或合同约定（如因工伤职工存在过错或违反公司规定而进行的合理扣除），则这种扣除可能是合理的。

2. 扣除的合法性与合理性审查：

   • 合法性：根据《工伤保险条例》及相关法律法规，工伤职工的待遇应得到保障，任何扣除都应有明确的法律依据。如果扣除的13000元没有法律依据，或者违反了法律法规的强制性规定，那么这种扣除就是不合法的。
   • 合理性：即使扣除有法律依据，也需要审查其合理性。例如，扣除的数额是否与工伤职工的过错程度相适应，是否超过了必要的限度等。如果扣除的数额过高，或者与工伤职工的过错程度不相称，那么这种扣除可能被视为不合理。

3. 具体情境下的分析：

   • 如果工伤职工在停工留薪期间存在严重违反公司规章制度或法律法规的行为，且公司能够提供充分证据证明这种行为与扣除补差费之间的直接关联性，那么扣除一定数额的补差费可能是合理的。
   • 如果工伤职工没有过错或过错轻微，且公司无法提供充分证据证明扣除补差费的合理性，那么这种扣除就可能是不合理的。工伤职工有权要求公司恢复被扣除的补差费，并可能寻求法律途径来维护自己的权益。

4. 建议与行动步骤：

   • 与公司沟通：首先，建议工伤职工与公司进行沟通，了解扣除补差费的具体原因和依据。如果公司能够提供合理的解释和证据，且工伤职工认可这种解释和证据，那么问题可能得到解决。
   • 寻求法律援助：如果与公司沟通无果，或者工伤职工认为扣除补差费不合理，建议寻求法律援助。可以咨询专业律师（如我），了解自己的权益和可能的法律途径。
   • 申请劳动仲裁或提起诉讼：在律师的指导下，工伤职工可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，或者向人民法院提起诉讼，要求公司恢复被扣除的补差费，并可能获得相应的赔偿。

最后，工伤两个多月后补差费被扣13000元是否合理，需要结合具体情况来判断。如果工伤职工对此有疑问或不满，建议及时与公司沟通并寻求法律援助。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。