在交通事故导致一人死亡且肇事者负主要责任的案件中，关于您提出的“谅解后怎样申请免于起诉”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、谅解书的作用与局限性
首先，谅解书是受害方对肇事者行为的一种谅解表示，它可以在量刑时被视为一个从轻情节。然而，谅解书并不直接决定检察院是否起诉。检察院在决定是否起诉时，会依据我国《刑事诉讼法》的相关规定，全面考量案件的犯罪情节、后果、社会危害性等多方面因素。
二、检察院的决策依据与不起诉的可能性
决策依据：
- 检察院会仔细审查案件材料，包括事故责任认定书、现场勘查记录、证人证言等，以评估肇事者的行为是否构成犯罪，以及犯罪的严重程度。
- 同时，检察院也会考虑肇事者的认罪态度、悔罪表现、是否积极赔偿受害方损失等因素。
不起诉的可能性：
- 若肇事者的行为情节显著轻微、危害不大，或存在其他法定不起诉的情形（如犯罪已过追诉时效、经特赦令免除刑罚等），检察院有可能作出不起诉决定。
- 但在大多数情况下，由于此类案件涉及公共安全和社会秩序，检察院仍可能会提起公诉，特别是当肇事者负主要责任且造成严重后果时。
三、申请免于起诉的建议与步骤
积极配合司法机关：
- 肇事者应积极配合司法机关的调查和处理，如实陈述事实，提供相关证据材料。
- 表现出诚恳的认罪态度和悔罪表现，争取司法机关的谅解。
积极赔偿受害方损失：
- 肇事者应尽力赔偿受害方的经济损失，包括丧葬费、死亡赔偿金、被扶养人生活费等。
- 如果能够与受害方达成和解协议，并履行完毕赔偿义务，这将在量刑时被视为一个重要的从轻情节。
提交申请不起诉的书面材料：
- 肇事者或其律师可以向检察院提交申请不起诉的书面材料，详细陈述理由和事实。
- 材料中应包括案件的基本情况、肇事者的认罪态度、悔罪表现、赔偿情况、谅解书的获取等。
等待检察院的审查与决定：
- 检察院会对提交的申请材料进行审查，并可能要求肇事者或其律师进行补充说明或提供进一步证据。
- 最终，检察院会根据案件的具体情况和法律规定作出是否起诉的决定。
四、注意事项
- 即使获得了谅解书，肇事者也不能掉以轻心，应继续积极配合司法机关的工作，并尽力减轻犯罪情节和社会危害性。
- 受害者家属应了解自身的民事权利，并在必要时寻求法律援助以维护自身权益。他们有权基于民事侵权责任要求肇事者承担相应的民事赔偿。
综上所述，交通事故致人死亡且肇事者负主要责任的案件中，谅解书虽有一定作用，但并不能确保检察院不起诉。肇事者应积极配合司法机关的工作，尽力赔偿受害方损失，并提交申请不起诉的书面材料，以争取更好的法律结果。同时，受害者家属也应了解自身权利，并在必要时寻求法律援助。