结论：公司以违反制度为由辞退员工时，工资是否照常发放需分情况讨论，主要取决于辞退的合法性及双方约定。以下从不同角度详细分析：

1. 若辞退合法，工资通常需结清

根据《劳动合同法》第三十条及《工资支付暂行规定》第九条，用人单位解除或终止劳动合同时，应当一次性付清劳动者工资。即使员工因违反制度被辞退，只要公司辞退程序合法（如制度经民主程序制定、已告知员工、违规事实确凿等），工资仍需全额支付，不得克扣。

例外情形：若员工因严重违规给公司造成经济损失，公司可依据《工资支付暂行规定》第十六条，要求员工赔偿部分损失（需举证损失金额及因果关系），但每月扣除部分不得超过工资的20%，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准。

2. 若辞退违法，工资需支付+赔偿金

若公司辞退行为违法（如制度未公示、违规事实不成立、未履行告知义务等），员工可主张：

• 工资全额支付：公司仍需结清被辞退前的工资；
• 违法解除赔偿金：按《劳动合同法》第八十七条，按经济补偿标准的二倍支付赔偿金（经济补偿=工作年限×月工资，工作满6个月按1年计，不满6个月按0.5年计）。

示例：员工工作3年，月工资1万元，若公司违法辞退，需支付工资1万元+赔偿金6万元（3×1万×2）。

3. 特殊情形：工资支付时间争议

若公司以“内部审批流程”等理由拖延工资，员工可依据《劳动合同法》第三十八条，以“未及时足额支付劳动报酬”为由解除劳动合同，并主张经济补偿（按工作年限，每满1年支付1个月工资）。

4. 操作建议

• 员工角度：
  1. 要求公司出具书面辞退通知，明确辞退理由及依据；
  2. 核对公司制度是否合法（如是否经职工代表大会讨论、是否公示）；
  3. 若公司拒付工资或违法辞退，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁。
• 公司角度：
  1. 确保制度合法有效，辞退前履行告知义务；
  2. 保留员工违规证据（如监控、签字文件等）；
  3. 辞退时一次性结清工资，避免额外赔偿风险。

提示：劳动纠纷中，证据是关键。若您遇到类似问题，可直接向我咨询，我会结合具体细节（如制度内容、辞退流程等）为您进一步分析。