结论：公司让被违法辞退的员工签劳动关系经济补偿金，确实有可能是在混淆视听，具体需结合实际情况判断。以下从多个角度为你详细分析：

一、违法辞退的法律后果

根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十七条，用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同的，应当依照本法第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。这意味着，如果员工是被违法辞退的，公司应当支付的是赔偿金，而非经济补偿金。赔偿金是经济补偿金的两倍，两者在性质和金额上都有显著差异。

二、经济补偿金与赔偿金的区别

1. 经济补偿金：通常适用于非过失性辞退或劳动合同终止等情形，是用人单位按照劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付的补偿。
2. 赔偿金：则专门适用于违法辞退的情形，是用人单位因违法解除或终止劳动合同而需向劳动者支付的额外赔偿，金额为经济补偿金的两倍。

三、公司可能混淆视听的情况

1. 故意混淆概念：公司可能故意将赔偿金说成经济补偿金，以降低支付金额，从而减轻自身的经济负担。
2. 利用员工法律知识不足：部分员工可能对劳动法律法规了解不足，不清楚违法辞退与合法辞退在赔偿上的区别，公司可能利用这一点，诱导员工签署不利的协议。

四、员工的应对策略

1. 明确辞退性质：首先，员工需要明确自己是被合法辞退还是违法辞退。如果是违法辞退，公司应当支付赔偿金，而非经济补偿金。
2. 审查协议内容：在签署任何协议前，员工应仔细审查协议内容，确保协议中明确写明了赔偿金的金额和支付方式。如果协议中只提到了经济补偿金，员工应拒绝签署，并要求公司按照法律规定支付赔偿金。
3. 寻求法律帮助：如果员工对辞退性质或协议内容有疑问，可以寻求专业律师的帮助。律师可以协助员工分析辞退性质，审查协议内容，并提供法律建议和支持。

五、可能的法律后果

如果员工被违法辞退，但签署了只包含经济补偿金的协议，这可能会对员工后续维权产生不利影响。因为一旦签署协议，员工就可能被视为放弃了要求赔偿金的权利。因此，在签署任何协议前，员工务必谨慎考虑，并确保自己的权益得到充分保障。

建议：如果你认为自己是被违法辞退的，且公司要求你签署的协议中只提到了经济补偿金，我建议你拒绝签署，并尽快咨询专业律师（即我，姜明坤律师，专注于经济纠纷、劳动纠纷领域），以便更好地维护自己的合法权益。