员工签了经济补偿金协议，内容约定员工不再劳动仲裁，违约要赔偿29万元，这样的协议条款并不完全合法。具体分析如下：

1. 协议条款的合法性分析：

   • 经济补偿金协议的本质：经济补偿金协议通常是用人单位与员工在解除劳动关系时，就经济补偿等相关事宜达成的约定。其核心目的是对双方权益的保障和平衡。
   • 限制劳动仲裁权利的条款：协议中约定员工不得再进行劳动仲裁，这一条款实际上限制了员工的合法权益。劳动仲裁是员工维护自身权益的重要途径，是法律赋予的权利，不能通过协议方式被剥夺。
   • 违约金条款的合理性：虽然协议中可以约定违约金，但违约金的数额应当合理，且不能违反法律法规的强制性规定。如果违约金数额过高，可能被视为显失公平，从而被法院或仲裁机构调整或撤销。

2. 法律后果与建议：

   • 法律后果：如果员工在签订协议后仍然提起劳动仲裁，用人单位可能会依据协议中的违约金条款要求员工承担违约责任。但员工可以主张该条款限制了其合法权益，请求法院或仲裁机构认定该条款无效。
   • 建议：对于用人单位而言，应当尊重员工的合法权益，避免在协议中约定限制员工劳动仲裁权利的条款。对于员工而言，在签订经济补偿金协议时，应当仔细阅读协议内容，确保自身权益不受侵害。如果协议中存在不合法或显失公平的条款，应当及时提出并与用人单位进行协商修改。

综上所述，员工签了经济补偿金协议，内容约定员工不再劳动仲裁并设定高额违约金是不完全合法的。员工在签订协议时应当谨慎审查协议内容，确保自身权益得到保障。如果遇到相关问题或疑虑，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和支持。