针对公司出纳在股东同意支付的情况下仍不支付100万的问题，核心处理思路是先明确出纳不支付的原因，再根据不同原因采取相应的法律措施或内部管理手段。以下从不同角度展开分析：

1. 核查出纳不支付的具体原因

• 是否涉及职务行为合法性：出纳作为公司财务人员，其支付行为需基于公司合法授权或财务制度。若股东同意支付但未履行内部审批流程（如未签署付款指令、未加盖公章等），出纳可能因“无合法支付依据”拒绝支付。此时需核查公司章程、财务制度或股东会决议，确认支付流程是否合规。
• 是否涉及个人利益冲突：若出纳与收款方存在利益关系（如亲属、关联交易），或出纳认为支付行为可能损害公司利益（如股东决议涉嫌违法），可能以“保护公司资产”为由拒绝支付。此时需进一步调查出纳的动机及证据。
• 是否涉及操作障碍：如公司账户资金不足、银行系统故障、付款指令信息错误等客观原因，导致出纳无法完成支付。此时需协调财务部门或银行解决技术问题。

2. 根据原因采取针对性措施

• 若因内部流程瑕疵：
  股东应督促公司管理层完善支付审批流程，例如补签书面付款指令、加盖公章或法定代表人签字，确保出纳的支付行为有合法依据。若出纳仍拒绝，可依据《公司法》第149条（董事、监事、高管执行职务违反规定给公司造成损失的，应承担赔偿责任），追究其可能存在的失职责任。
• 若出纳涉嫌滥用职权：
  若出纳无正当理由拒绝支付，且其行为已影响公司正常经营或股东权益，股东可提议召开临时股东会，通过决议要求出纳立即支付。若出纳仍不执行，可依据《公司法》第151条（股东代表诉讼制度），以公司名义起诉出纳，要求其赔偿损失；或直接以股东身份起诉出纳滥用职权。
• 若涉及资金安全风险：
  若出纳拒绝支付的理由是怀疑收款方或支付行为违法（如涉嫌洗钱、诈骗），股东应暂停支付并委托律师或审计机构介入调查。若确认支付行为合法，可要求出纳书面说明拒绝理由并留存证据；若确认存在风险，应终止支付并追究相关责任人责任。

3. 预防类似问题的建议

• 完善内部财务制度：明确支付审批权限、流程及责任，例如要求股东会决议需附具体付款指令，出纳仅对指令的合法性进行形式审查。
• 加强财务人员培训：定期组织财务人员学习《公司法》《会计法》及公司内部制度，明确其职权范围及法律责任。
• 建立监督机制：设立内部审计部门或委托第三方机构定期检查财务流程，防止个别人员滥用职权。

总结：出纳不支付的核心问题需结合具体原因处理，股东应优先通过内部流程完善或股东会决议解决问题；若出纳涉嫌违法或失职，可通过法律途径追究责任。建议公司同步审查财务制度漏洞，避免类似风险。如有进一步细节需分析，可直接向我咨询。