结论：拒不支付劳动报酬一百万，即便后续付清了，仍可能面临法律责任，但付清行为可能作为量刑情节考虑。以下从不同角度详细分析：
一、法律责任层面
刑事责任：
- 根据《中华人民共和国刑法》第二百七十六条之一的规定，以转移财产、逃匿等方法逃避支付劳动者的劳动报酬或者有能力支付而不支付劳动者的劳动报酬，数额较大，经政府有关部门责令支付仍不支付的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；造成严重后果的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
- 在您描述的情况中，拒不支付劳动报酬一百万，显然属于“数额较大”的情形。即便后续付清了，但如果在付清之前已经构成了拒不支付劳动报酬罪的构成要件（即有能力支付而不支付，且经政府有关部门责令支付仍不支付），那么仍可能面临刑事责任的追究。不过，付清行为可能作为量刑时的从轻或减轻情节考虑。
行政责任：
- 除了刑事责任外，还可能面临行政处罚。根据《劳动保障监察条例》等相关规定，用人单位拒不支付劳动报酬的，由劳动保障行政部门责令限期支付；逾期不支付的，可以责令用人单位按照应付金额50%以上1倍以下的标准计算，向劳动者加付赔偿金。
- 在您的情况下，虽然最终付清了劳动报酬，但如果在此之前已经受到了劳动保障行政部门的责令支付通知，且逾期未支付，那么仍可能面临加付赔偿金的行政处罚。不过，由于最终已经付清，这一处罚的金额可能会相应减少或免除。
二、实际影响层面
信用记录：
- 拒不支付劳动报酬的行为可能会被记录在用人单位的信用记录中，对其未来的经营和融资等产生不利影响。
- 即便后续付清了劳动报酬，但这一不良记录可能仍然存在，对用人单位的声誉和信誉造成损害。
劳动者关系：
- 拒不支付劳动报酬的行为会严重损害用人单位与劳动者之间的关系，导致劳动者对用人单位的信任度降低。
- 即便后续付清了劳动报酬，但这一行为可能已经对劳动者造成了心理上的伤害和实际的经济损失（如因拖欠工资而产生的额外费用等），因此，用人单位可能需要采取额外的措施来修复与劳动者之间的关系。
三、建议与措施
主动沟通：
- 如果用人单位已经意识到自己的错误并付清了劳动报酬，建议主动与劳动者进行沟通，解释原因并表达歉意，以尽量修复双方之间的关系。
配合调查：
- 如果已经面临劳动保障行政部门或司法机关的调查，建议积极配合并提供相关证据和材料，以证明自己的付清行为和态度。
加强内部管理：
- 用人单位应加强内部管理，确保劳动报酬的按时支付，避免类似情况的再次发生。
总结：拒不支付劳动报酬一百万，即便后续付清了，仍可能面临法律责任和实际影响。因此，用人单位应严格遵守相关法律法规，确保劳动报酬的按时支付，以维护自身的合法权益和声誉。如果您或您所在的用人单位面临类似问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。