结论概述：
针对“法人代表用公司资金归还公司合法债务但大股东不同意，出纳人员应如何处理”的问题，这主要涉及到公司内部治理、资金使用权限以及出纳人员的职责与风险。出纳人员在此情况下，应谨慎行事，确保资金使用的合法性与合规性，同时保护自身免受潜在的法律风险。以下是从不同角度给出的详细分析：
一、公司内部治理与资金使用权限
公司章程与股东会决议：
- 公司章程是公司的基本大法，其中应明确规定公司资金的使用权限、审批流程等。出纳人员应首先查阅公司章程，确认法人代表是否有权单独决定使用公司资金归还债务，或者是否需要股东会或董事会的决议。
- 如果公司章程或相关内部规定要求此类支出需经股东会或董事会批准，而法人代表未经批准擅自使用资金，则出纳人员应拒绝执行，并建议法人代表按照正规流程申请。
大股东的意见与股东会决议：
- 大股东作为公司的重要利益相关者，其意见在公司决策中具有重要影响。然而，大股东的个人意见并不直接决定公司资金的使用，除非该意见通过股东会决议等形式转化为公司决策。
- 如果大股东反对使用公司资金归还债务，但法人代表认为这是为了公司的最佳利益，且符合公司章程和相关法律法规，那么法人代表应通过正规渠道（如召开股东会）来争取支持，而不是擅自决定。
二、出纳人员的职责与风险
职责范围：
- 出纳人员的主要职责是按照公司规定和财务制度，准确、及时地处理公司的资金收付业务。在执行支付指令时，出纳人员应确保指令的合法性与合规性。
- 如果出纳人员明知法人代表的支付指令未经合法审批或存在其他违法违规情形，仍擅自执行，则可能面临法律责任，包括但不限于赔偿公司损失、承担行政责任甚至刑事责任。
风险防范：
- 出纳人员在接到法人代表的支付指令时，应要求法人代表提供相关的审批文件或股东会决议等证明文件。
- 如果法人代表无法提供或提供的文件不符合规定，出纳人员应拒绝执行支付指令，并及时向公司高层或董事会报告情况。
- 出纳人员还可以咨询公司法律顾问或外部律师的意见，以确保自身行为的合法性与合规性。
三、法律后果与应对措施
如果法人代表擅自使用资金：
- 如果法人代表未经合法审批擅自使用公司资金归还债务，且该行为被认定为违法违规，那么公司可能面临资金损失、行政处罚甚至刑事责任等后果。
- 在此情况下，出纳人员如果擅自执行了支付指令，也可能被追究相应的法律责任。因此，出纳人员应坚决拒绝执行未经合法审批的支付指令。
如果大股东提起诉讼或投诉：
- 如果大股东认为法人代表的行为损害了公司利益或其个人利益，可能会提起诉讼或向相关部门投诉。
- 在此情况下，出纳人员应配合公司或法律顾问的调查工作，提供必要的证据和资料，以证明自身行为的合法性与合规性。
建议与总结：
- 对于出纳人员：在处理此类敏感支付业务时，务必确保支付指令的合法性与合规性。如果法人代表的支付指令未经合法审批或存在其他违法违规情形，应坚决拒绝执行，并及时向公司高层或董事会报告情况。
- 对于公司：应完善内部治理结构，明确资金使用权限和审批流程，加强对出纳人员等关键岗位人员的培训和管理，以降低潜在的法律风险。
- 对于法人代表和大股东：应通过正规渠道解决分歧和争议，避免擅自决定或采取违法违规行为来损害公司利益或其他股东利益。
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