税务检察室不能办理刑事案件的法律依据主要在于其职能定位与刑事诉讼法的程序规定，具体分析如下：

1. 职能定位的法定限制
   根据《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则，税务机关的职责集中于税收征管、税务稽查及行政处罚（如补缴税款、滞纳金、罚款等）。税务检察室作为税务机关内设机构，其职能本质是行政执法，而非刑事司法。刑事案件的办理涉及侦查、起诉、审判等司法程序，需由公安机关、检察院、法院等司法机关依法行使职权，税务机关无权突破职能边界介入刑事诉讼。

2. 刑事诉讼法的程序排他性
   《中华人民共和国刑事诉讼法》明确规定，刑事案件的侦查权由公安机关（或国家安全机关、检察院自侦部门等特定主体）行使，起诉权由检察院行使，审判权由法院行使。税务检察室既非法定侦查机关，也非司法机关，不具备刑事诉讼主体资格。若税务机关在执法中发现涉嫌犯罪线索，仅能依法移送公安机关立案侦查，自身无权直接办理刑事案件。

3. “行刑衔接”的法定路径
   根据《行政执法机关移送涉嫌犯罪案件的规定》（国务院令第310号），税务机关在查处税收违法行为时，若发现涉嫌犯罪需追究刑事责任的，应当在24小时内移送公安机关，并附相关证据材料。这一规定明确了税务机关与司法机关的职责分工，税务检察室若越权办理刑事案件，将违反程序法定原则，可能导致证据无效或程序违法。

实务建议：若遇到税务机关越权干预刑事案件的情况，当事人可依法向其上级机关或纪检监察部门投诉，或通过行政复议、行政诉讼等途径维护权益。如有具体案件需要分析，可直接向我咨询，我将结合案情提供专业法律意见。