税务不计入案件检查期限的主要理由在于税务事项的特殊性和法定程序要求，其依据主要来源于《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则等相关法律法规。具体分析如下：

1. 税务事项的特殊性
   税务案件往往涉及复杂的财务核算、税款计算及申报程序，其核查过程需要充分保障纳税人的陈述申辩权。例如，在检查企业所得税时，需核实成本费用的真实性、关联交易的合理性等，这些工作需要较长时间完成。若将税务核查时间计入案件整体检查期限，可能导致税务机关为赶期限而简化程序，损害纳税人合法权益。

2. 法定程序的中止与扣除
   根据《税收征收管理法实施细则》第八十二条，税务机关在检查过程中，若因纳税人、扣缴义务人计算错误等失误未缴少缴税款，或需补办纳税申报的，检查期限可依法中止或扣除。例如，纳税人主动补缴税款后，税务机关需重新计算滞纳金并出具处理决定，此期间不计入检查期限，以确保程序合法性。

3. 行政效率与权利保障的平衡
   税务检查需兼顾行政效率与纳税人权利保护。若将税务核查时间纳入总期限，可能迫使税务机关在期限压力下仓促作出决定，增加行政复议或诉讼风险。例如，在转让定价调查中，税务机关需分析跨国企业关联交易是否符合独立交易原则，此过程需调取大量境外数据，时间成本较高，不计入期限可保障调查质量。

4. 司法实践中的例外情形
   在刑事案件中，若税务稽查结果直接影响定罪量刑（如虚开增值税专用发票罪），税务核查时间可能被纳入刑事诉讼期限。但此类情形属于例外，需根据具体案情及《刑事诉讼法》相关规定综合判断。

建议：若您涉及税务案件检查期限争议，可结合具体程序环节（如中止、扣除情形）及税种特性（如所得税、增值税）进一步分析。如有疑问，可直接向我咨询，我将结合案情提供详细解答。