核心结论：税务稽查案件处于不计入检查期限的状态时，企业或个人可采取以下措施应对，具体需结合案件实际情况分析。

1. 明确“不计入检查期限”的法律依据与情形

根据《税务稽查工作规程》及相关规定，税务稽查的检查期限一般为60日，特殊情况可延长至90日。但以下情形不计入检查期限：

• 中止检查：因不可抗力（如自然灾害、疫情）、当事人被依法限制人身自由、账簿资料被司法机关调取等客观原因导致检查无法进行；
• 案件移送：稽查过程中发现案件涉嫌犯罪，需移送公安机关处理；
• 当事人不配合：如拒绝提供资料、隐匿证据等导致检查停滞；
• 其他法定情形：如需等待第三方机构出具鉴定意见等。

行动建议：
首先要求税务机关出具书面说明，明确不计入期限的具体原因及法律依据。若属于中止检查，需确认中止事由是否真实存在且合法；若因当事人不配合导致，需评估自身行为是否合规，及时补正材料或配合调查。

2. 针对不同情形的应对策略

（1）若因中止检查导致期限暂停

• 核实中止事由：要求税务机关提供中止检查的书面通知，确认事由是否符合《税务稽查工作规程》第22条（如不可抗力、账簿被调取等）。
• 主张权利：若中止事由已消失（如账簿已归还、限制人身自由的措施已解除），可书面催告税务机关恢复检查，避免无限期拖延。
• 复议或诉讼：若税务机关无正当理由中止检查，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，要求其履行法定职责。

（2）若因案件移送公安机关导致期限暂停

• 关注移送程序：税务机关移送案件需出具《涉嫌犯罪案件移送书》，并抄送同级公安机关。可要求税务机关提供移送回执，确认案件是否已正式移送。
• 配合刑事调查：若案件进入刑事程序，需积极配合公安机关调查，避免因拒不配合导致行政责任加重。
• 主张行政程序终结：若公安机关不予立案或撤销案件，可要求税务机关恢复行政检查程序，避免以“移送”为由长期搁置案件。

（3）若因当事人不配合导致期限暂停

• 自查整改：立即核对是否存在拒绝提供资料、隐匿证据等行为，若有则尽快补正材料、配合调查。
• 沟通协商：主动与税务机关沟通，说明未配合的原因（如资料遗失、客观困难等），争取达成谅解并恢复检查。
• 法律救济：若税务机关以“不配合”为由无限期暂停检查，可依法申请复议或诉讼，要求其限期作出处理决定。

3. 通用应对措施

• 书面催告：向税务机关发出《关于限期作出税务处理决定的催告书》，要求其说明案件进展及预计结案时间。
• 申请听证：若税务机关拟作出处罚决定，可依法申请听证，在听证程序中提出期限问题，要求其加快处理。
• 监督投诉：向上一级税务机关或纪检监察部门投诉，反映稽查程序违法问题，督促其依法履职。

提示：税务稽查案件的期限问题直接影响当事人的权利义务，建议根据具体情形采取针对性措施。若对程序合法性存疑，可进一步提供案件细节，我将为您分析具体风险点及应对方案。