关于您提出的“稽查案件办结时限是否计入办理期限”的问题，这是一个涉及税务稽查流程细节的重要询问。以下是我根据《税务稽查案件办理程序规定》及相关实践，为您提供的详细解答：
一、一般性处理期限
首先，根据《税务稽查案件办理程序规定》（国家税务总局令第52号），稽查局在立案后，通常应在90日内作出行政处理、处罚决定或者得出无税收违法行为结论。这是为了保障案件处理的及时性和效率性，确保税务稽查工作能够有序进行。
二、关于办结时限是否计入办理期限
在稽查案件的处理过程中，办结时限本身是构成办理期限的一部分。也就是说，从稽查局立案开始，到最终作出处理决定或得出结论的整个时间段，都是计入办理期限的。然而，这里需要明确的是，并非所有时间都直接计入这一期限，存在一些依法不计入办理期限的特殊情形。
三、不计入办理期限的情形
根据相关规定，以下情形依法不计入稽查案件的办理期限：
中止检查的时间：在稽查过程中，如果因某些原因需要中止检查，那么中止期间的时间是不计入办理期限的。
请示上级机关或征求有权机关意见的时间：当稽查局需要请示上级机关或征求其他有权机关的意见时，这段时间也不计入办理期限。
提请重大税务案件审理的时间：对于重大税务案件，稽查局可能需要提请专门的审理机构进行审理，这段时间同样不计入办理期限。
其他特殊情形：如因无法以其他方式送达而采取公告送达文书的时间、组织听证的时间、纳税人或扣缴义务人超期提供资料的时间，以及移送司法机关后税务机关需等待司法文书生效以决定是否处罚的案件相关时间等，都不计入办理期限。
四、实际操作中的注意事项
由于每个稽查案件的具体情况不同，处理期限也会有所差异。因此，如果您关心某个具体的税务稽查案件，建议您直接联系相关的稽查局或法律机构，以获取最准确的信息和处理进度。同时，咨询专业的律师也是明智之举，他们可以根据您的具体情况提供更详细的法律建议和指导。
综上所述，稽查案件的办结时限在一般情况下是计入办理期限的，但存在多种依法不计入办理期限的特殊情形。了解这些规定和流程，对于维护自身权益和确保案件得到公正处理具有重要意义。希望以上解答能够对您有所帮助。