结论：船员靠岸后因原因不明失踪，是否可以申请工伤认定，需根据具体情况判断，主要看是否符合“工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害”或“在上下班途中，受到非本人主要责任的交通事故或者城市轨道交通、客运轮渡、火车事故伤害的”等工伤认定的法定情形。以下从不同角度进行分析：

1. 若失踪与工作直接相关：

   • 法律分析：根据《工伤保险条例》第十四条，职工在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害的，应当认定为工伤。若船员失踪发生在工作时间（如靠岸后执行与工作相关的任务期间），且失踪原因与工作有直接联系（如执行任务时遭遇意外），则符合工伤认定的条件。
   • 建议：在此情况下，应尽快向当地社会保险行政部门提出工伤认定申请，并提供相关证据（如工作记录、同事证言、失踪前的监控录像等）以支持申请。

2. 若失踪与工作无直接关联：

   • 法律分析：若船员失踪发生在非工作时间（如靠岸后个人活动时间），或失踪原因与工作无直接联系（如个人私事、自杀等），则不符合工伤认定的直接条件。但需注意，若存在特殊情况（如船员因工作疲劳、精神压力等导致失踪，且能证明与工作有间接联系），也可能影响工伤认定的结果。
   • 建议：在此情况下，申请工伤认定的难度较大。但家属或用人单位仍可尝试收集相关证据，向社会保险行政部门提出申请，并说明失踪与工作的间接联系。同时，也可考虑通过其他途径（如民事诉讼）寻求救济。

3. 关于“上下班途中”的认定：

   • 法律分析：根据《工伤保险条例》第十四条第六项，职工在上下班途中，受到非本人主要责任的交通事故或者城市轨道交通、客运轮渡、火车事故伤害的，应当认定为工伤。但船员靠岸后失踪，若不属于上述“上下班途中”且未遭受交通事故等特定伤害，则此条款不适用。
   • 建议：若船员失踪发生在靠岸后返回住处或前往工作地点的途中，且能证明失踪与交通事故等无关，则此条款不提供工伤认定的依据。

4. 特殊情况下的考虑：

   • 法律分析：对于船员等特殊职业，其工作环境和工作性质可能增加工伤认定的复杂性。如船员在海上工作期间失踪，可能涉及海上交通事故、海盗袭击等特殊情况，这些情况下工伤认定的标准可能有所不同。但本题中船员已靠岸，故主要考虑岸上环境下的工伤认定。
   • 建议：在特殊情况下，应咨询专业律师或社会保险行政部门，了解具体的工伤认定标准和程序。

进一步思考：在申请工伤认定时，证据的收集至关重要。家属或用人单位应尽可能收集与失踪相关的所有证据，包括工作记录、同事证言、监控录像、报警记录等。同时，也应关注失踪船员的心理健康状况，若存在因工作导致的精神压力或疲劳等问题，也应作为证据之一提交给社会保险行政部门。

总结：船员靠岸后因原因不明失踪是否可以申请工伤认定，需根据具体情况判断。若失踪与工作直接相关或存在特殊情况，可尝试申请工伤认定；若失踪与工作无直接关联，则申请难度较大。在此过程中，证据的收集和咨询专业律师的意见至关重要。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。