在工伤赔偿纠纷中，一般不能先起诉车主再起诉挂靠单位，但存在特殊情形时可分别主张权利，具体需结合事故责任和法律关系分析。以下是详细说明：

1. 工伤赔偿与交通事故赔偿的请求权基础不同
   根据《工伤保险条例》和《民法典》侵权责任编，工伤赔偿基于劳动者与用人单位的劳动关系，属于社会保险范畴；交通事故赔偿则基于侵权行为，属于民事侵权范畴。若工伤由第三人（如车主）侵权导致，劳动者可同时主张工伤保险待遇和交通事故人身损害赔偿（即“双赔”原则），但医疗费等实际支出项目通常不可重复获赔。

2. 挂靠单位的法律责任需结合具体情形认定
   若车主与挂靠单位存在挂靠关系（如个人车辆挂靠运输公司经营），根据《最高人民法院关于审理工伤保险行政案件若干问题的规定》第三条，挂靠单位需承担工伤保险责任。此时，劳动者可直接以挂靠单位为被告主张工伤赔偿，无需先起诉车主。
   例外情形：若车主与挂靠单位无挂靠关系，或挂靠单位能证明自身无过错（如车辆实际由车主独立运营），则挂靠单位可能不承担责任，此时需根据交通事故责任认定车主的侵权责任。

3. 诉讼程序上的选择与限制

   • 优先主张工伤赔偿：若符合工伤认定条件，建议先申请工伤认定并起诉挂靠单位（或用人单位），因工伤保险待遇的支付主体明确且程序相对简便。
     
   • 交通事故赔偿的补充性：若工伤赔偿不足以覆盖损失（如伤残补助金低于侵权损害赔偿），可另行起诉车主主张差额部分。但需注意诉讼时效（人身损害赔偿诉讼时效为3年，自知道或应当知道权利受损之日起计算）。
     
   • 禁止重复获赔原则：法院在审理中会扣减已获赔偿的重复项目（如医疗费、护理费等），避免劳动者通过双重诉讼获利。

建议行动步骤：

1. 立即申请工伤认定，确定劳动关系及工伤事实；
   
2. 根据交通事故责任认定书，明确车主的侵权责任；
   
3. 同步与挂靠单位协商工伤赔偿，若协商不成则起诉；
   
4. 若工伤赔偿不足，再起诉车主主张差额部分。
   

如有进一步细节（如挂靠协议内容、事故责任划分等），可向我补充说明，以便更精准地分析责任主体和诉讼策略。