针对您提出的“合同约定归买受人，但只有其中一部分能办证，其余不能办证的房屋怎么认定”这一问题，我的分析如下：

1. 合同效力的认定：

   • 首先，要审查购房合同的具体条款，确认合同中是否明确约定了房屋的所有权归属，以及关于产权证办理的具体约定。如果合同中明确约定了房屋整体归买受人所有，且未对不能办证的部分作出特别约定，那么从合同约定来看，买受人应享有房屋的整体权益。
   • 然而，合同的有效性还受到法律、行政法规的强制性规定的影响。如果房屋中不能办证的部分存在违法建设、超规划建设等情形，导致无法办理产权证，那么这部分房屋的买卖可能因违反法律强制性规定而无效或部分无效。

2. 不能办证房屋部分的认定：

   • 对于不能办证的房屋部分，需要查明其不能办证的具体原因。如果是由于开发商的原因，如未取得规划许可、未缴纳相关税费等，导致无法办理产权证，那么买受人可以要求开发商承担违约责任，包括但不限于赔偿损失、继续履行合同（如办理产权证）等。
   • 如果不能办证的部分是因为房屋本身存在违法建设、超规划建设等情形，那么这部分房屋可能面临被拆除、没收等法律风险。在这种情况下，买受人需要谨慎评估风险，并考虑与开发商协商解决方案，如退房、赔偿等。

3. 实际履行与救济途径：

   • 在实际履行方面，如果买受人希望继续履行合同并取得房屋的整体权益，可以与开发商协商解决不能办证部分的问题，如要求开发商尽快办理产权证或提供其他补偿方案。
   • 如果协商无果，买受人可以通过法律途径维护自己的权益。例如，可以向法院提起诉讼，要求确认合同效力、要求开发商承担违约责任或解除合同并赔偿损失等。

4. 风险提示与预防：

   • 对于买受人而言，在购买房屋时，应充分了解房屋的产权状况、规划许可等情况，避免购买存在违法建设、超规划建设等情形的房屋。
   • 在签订购房合同时，应明确约定产权证办理的具体时间、违约责任等条款，以便在发生纠纷时能够维护自己的权益。

总结来说，对于合同约定归买受人但只有部分能办证的房屋，需要首先审查合同的效力及具体条款，然后查明不能办证部分的具体原因，并根据实际情况选择合适的救济途径。如果您在处理此类问题时遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。