借调员工在来源单位通常是有待遇保护的，但具体保护程度和方式需依据借调协议、公司规章制度以及相关法律法规来确定。以下从不同角度进行详细分析：
一、借调协议中的待遇保护
协议内容：借调协议是明确借调员工在借调期间各项权益的重要文件。协议中通常会规定借调员工的工资、福利、社会保险等由哪方承担，以及借调期间员工的职位、职责等。如果协议中明确规定了来源单位需继续支付借调员工部分或全部待遇，那么来源单位就必须按照协议执行。
协议效力：借调协议一旦签订，对借调双方（即来源单位和借入单位）以及借调员工都具有法律约束力。如果来源单位违反协议规定，不支付或减少支付借调员工的待遇，借调员工有权要求来源单位按照协议履行义务，甚至可以通过法律途径维护自己的权益。
二、公司规章制度中的待遇保护
内部规定：除了借调协议外，来源单位的公司规章制度也可能对借调员工的待遇保护作出规定。这些规定可能涉及借调员工的工资调整、奖金发放、社会保险缴纳等方面。如果公司规章制度中有明确规定，来源单位就必须遵守。
规章制度效力：公司规章制度是公司内部管理的重要依据，对全体员工（包括借调员工）都具有约束力。如果来源单位违反规章制度规定，不支付或减少支付借调员工的待遇，借调员工同样有权要求来源单位按照规章制度履行义务。
三、相关法律法规中的待遇保护
劳动法保护：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者享有取得劳动报酬、享受社会保险和福利等权利。借调员工虽然被借调到其他单位工作，但其与来源单位的劳动关系仍然存在。因此，来源单位有义务按照法律规定支付借调员工的工资、缴纳社会保险等。
特殊保护：在某些特殊情况下，如借调员工因工受伤或患职业病等，来源单位还需承担相应的工伤保险责任。这是法律对借调员工的一种特殊保护，旨在确保借调员工在借调期间能够享受到与在来源单位工作时相同的权益保障。
四、实际操作中的注意事项
明确借调协议内容：在签订借调协议时，来源单位和借入单位应明确借调员工的待遇保护条款，包括工资、福利、社会保险等由哪方承担、如何支付等。这有助于避免后续因待遇问题产生的纠纷。
遵守公司规章制度：来源单位应确保公司规章制度中关于借调员工待遇保护的规定合法、合理且得到有效执行。这有助于维护公司内部的公平和正义，同时也有助于提升公司的形象和信誉。
关注法律法规变化：随着法律法规的不断完善和调整，来源单位应及时关注并了解相关法律法规的变化情况，确保借调员工的待遇保护符合最新法律规定。这有助于降低公司的法律风险，保障借调员工的合法权益。
建议：如果借调员工在借调期间遇到待遇保护问题，可以先与来源单位和借入单位进行协商沟通；如果协商无果，可以向劳动争议调解委员会申请调解或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；必要时还可以向人民法院提起诉讼以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。