针对您提出的“借调人员同工不同待遇”问题，这确实是一个在借调工作中可能遇到的情况，下面我将从几个方面为您详细解答。
首先，我们需要明确的是，借调人员的工资待遇原则上应由其原单位发放。这是因为借调人员虽然在实际工作中被借调到了另一个单位，但其人事关系、工资关系等通常仍保留在原单位。因此，按照相关规定，借调人员的工资、奖金、津贴等应由原单位负责发放，确保其待遇不受影响。
然而，在实际操作中，可能会出现“同工不同待遇”的情况。这可能是由于多种原因导致的，比如：
信息不对称：借调单位可能并不完全了解借调人员的原工资待遇情况，或者由于沟通不畅，导致在借调期间未能按照原待遇标准发放工资。
管理漏洞：如您所提到的案例中，由于财务和出纳对工资申报拨付、月末对账等没有起到相互监督的作用，导致工资发放全过程由一人操作完成，从而出现了虚列工资、私自使用等问题。
制度不完善：部分单位在借调人员管理方面可能存在制度空白或执行不力的情况，导致借调人员的权益无法得到充分保障。
针对这些问题，我们可以从以下几个方面进行改进：
加强沟通与协调：借调单位与原单位之间应建立有效的沟通机制，确保借调人员的工资待遇、社会保险等权益得到充分保障。同时，借调单位也应主动了解借调人员的原工资待遇情况，避免出现“同工不同待遇”的情况。
完善管理制度：借调单位应建立健全借调人员管理制度，明确借调人员的工资待遇、社会保险、考核评价等方面的规定。同时，加强对借调人员的管理和监督，确保其权益不受侵害。
强化监督与问责：对于借调人员管理中出现的问题，应依法依规进行严肃处理。同时，加强对相关责任人员的监督和问责，确保其履行好管理职责。
此外，从更宏观的角度来看，政府和相关机构也应加强对借调人员管理的监管和指导。例如，可以出台相关政策法规，明确借调人员的权益保障和管理要求；加强对借调单位的监督检查和评估考核等。
总之，“借调人员同工不同待遇”是一个需要引起重视的问题。通过加强沟通与协调、完善管理制度、强化监督与问责等措施，我们可以有效保障借调人员的权益不受侵害，促进借调工作的顺利进行。