挂靠建筑公司签订的内部协议在法律上通常是不合法的，因此无效。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
一、法律依据与不合法性分析
违反法律法规：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百五十三条，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。挂靠行为在很多情况下违反了法律的强制性规定，如《中华人民共和国建筑法》第二十六条明确禁止建筑施工企业允许其他单位或个人使用其资质证书、营业执照承揽工程。因此，挂靠协议可能会被认定无效。
- 此外，《中华人民共和国行政许可法》第九十一条也规定，通过欺骗、贿赂等不正当手段取得的行政许可应予撤销。挂靠行为本质上属于借用他人许可资质，以不正当手段获取从业机会，违背了行政许可法的精神。
扰乱市场秩序：
- 挂靠人通过支付费用借用被挂靠人的资质参与市场活动，破坏了市场的公平竞争环境。这种行为使得具备相应资质和实力的企业在竞争中可能处于不利地位，从而扰乱了整个建筑市场的秩序。
影响工程质量：
- 资质是对企业综合素质的考量，包括人员素质、技术装备、管理水平等。挂靠人往往不具备与所承揽业务相匹配的能力，这可能导致工程质量不达标，进而影响消费者利益和行业声誉。
法律责任不清：
- 在挂靠关系中，实际责任主体不明确。当出现问题时，挂靠人和被挂靠人可能相互推诿责任，给政府监管带来困难，也不利于行业的规范健康发展。此外，一旦发生事故或损害，责任追究会变得复杂且困难。
二、司法实践中的处理
在司法实践中，对于挂靠协议无效后的处理，法院会根据具体情况依法对当事人的权利义务进行裁决。例如，根据双方的过错程度确定赔偿责任等，以确保公平合理地解决纠纷。同时，法院也会强调挂靠行为的违法性，并可能对涉事企业或个人进行行政处罚或刑事处罚。
三、实际施工人的权益保护（尽管协议无效，但仍有特殊情况）
尽管挂靠协议无效，但在工程竣工验收合格且符合相关质量标准的前提下，实际施工人（挂靠人）仍有权参照合同约定向被挂靠人主张支付工程价款。这是为了保护实际施工人的合法权益，避免因挂靠协议的无效而使其劳动成果得不到应有的回报。然而，这并不意味着挂靠行为本身变得合法或可接受。
四、建议与总结
避免挂靠行为：
- 强烈建议建筑企业和个人不要签订或参与任何形式的挂靠协议。挂靠行为不仅违法，而且存在诸多法律风险和问题，如工程质量不达标、法律责任不清等。
合法合规经营：
- 建筑企业和个人应通过合法途径获取相应的资质和许可，严格遵守相关法律法规和行业规范。这样做不仅有助于确保工程质量和安全，还能有效维护自身和他人的合法权益。
加强法律意识：
- 建筑企业和个人应加强对相关法律法规的学习和理解，提高法律意识。在签订任何合同或协议前，都应仔细审查其合法性，并咨询专业律师的意见。
综上所述，挂靠建筑公司签订的内部协议在法律上通常是不合法的，因此无效。在实际操作中，应坚决避免挂靠行为，通过合法途径开展业务活动，以确保工程质量和安全，同时保护自身和他人的合法权益不受侵害。如有任何法律问题或疑虑，请直接向我咨询。