跟建筑公司签订内部协议是否合法，需根据协议的具体内容、签订主体及目的等多方面因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
协议签订主体与资格
- 合法主体：若签订内部协议的双方均为具有民事行为能力的自然人或法人，且协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，则该协议原则上合法有效。例如，建筑公司与其内部员工签订的关于工作安排、薪酬待遇等内容的协议，若双方意思表示真实，且内容合法，则协议有效。
- 非法主体或资格瑕疵：若签订协议的一方或双方不具备签订协议的资格，如无民事行为能力人、限制民事行为能力人未经法定代理人同意或追认签订的协议，或者协议内容涉及非法活动，如赌博、贩毒等，则该协议无效。
协议内容与目的
- 合法内容与目的：若内部协议的内容合法，且目的正当，如建筑公司与其项目经理签订的关于项目管理、质量控制、进度安排等方面的协议，旨在明确双方的权利义务，提高项目管理效率，则该协议合法有效。
- 非法内容与目的：若协议内容违法，如约定逃避税收、违反建筑安全规定等，或者目的非法，如通过内部协议进行利益输送、损害第三方利益等，则该协议无效。此外，如果内部协议涉及规避法律强制性规定，如通过内部协议将建筑公司的资质出借给无资质的个人或单位使用，这种协议也是无效的，并且可能面临法律制裁。
协议形式与程序
- 合法形式与程序：虽然内部协议不一定需要采用书面形式，但为了明确双方的权利义务，避免纠纷，建议采用书面形式。同时，协议的签订应遵循一定的程序，如双方协商一致、签字或盖章确认等。若协议形式合法，程序正当，则有助于增强协议的法律效力。
- 形式瑕疵或程序不当：若协议形式存在瑕疵，如未采用书面形式但双方对此有争议，或者程序不当，如一方未签字或盖章确认，则可能影响协议的法律效力。但在某些情况下，如双方已经实际履行了协议的主要义务，且对方接受的，即使协议形式存在瑕疵，也可能被认定为有效。
建议：
- 在签订内部协议前，应仔细审查协议内容，确保合法合规，不违背公序良俗。
- 明确签订主体的资格和权利义务，避免因主体不适格或权利义务不明确而引发纠纷。
- 遵循合法形式和程序签订协议，以增强协议的法律效力。
- 若对协议的法律效力或内容存在疑问，建议咨询专业律师，以获取更准确的法律意见。
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