个人与建筑公司签订协议的合法性取决于协议的具体内容和双方的资质条件。以下是对此问题的详细分析：
一、协议内容性质决定合法性
劳务协议：
- 合法情况：若个人作为劳务提供者，为建筑公司提供临时性、辅助性的劳动服务（如工地小工），且个人具备提供相应劳务的能力和资格，双方基于平等自愿、协商一致的原则签订的劳务协议是合法有效的。这要求协议内容符合法律法规的规定，明确双方的权利和义务。
- 不合法情况：若个人不具备从事特定劳务工作的资质或能力（如电工、焊工等需职业资格证书的工种），则与建筑公司签订的劳务协议可能因违反法律强制性规定而无效。例如，若个人未取得电工证却从事电工工作，该劳务协议即存在违法风险。
工程承包协议：
- 不合法情况：根据《建筑法》等相关法律法规，建筑工程施工活动的主体必须具备相应的资质等级。因此，个人因不具备建筑施工资质而与建筑公司签订的工程承包协议是违法无效的。此类协议违反了关于施工主体资质的严格要求，旨在保障工程质量和施工安全。
- 特定情况下的权益保护：尽管工程承包协议可能因资质问题被认定为无效，但若个人作为实际施工人完成了工程建设且工程经验收合格，根据相关司法解释，其可参照协议约定要求建筑公司支付工程价款。这是对实际施工人权益的特定保护，但并不意味着协议本身合法有效。
二、法律依据与合规要求
- 《建筑法》第二十六条：明确规定承包建筑工程的单位应持有依法取得的资质证书，并在其资质等级许可的业务范围内承揽工程。禁止建筑施工企业超越本企业资质等级许可的业务范围或者以任何形式用其他建筑施工企业的名义承揽工程。同时，也禁止建筑施工企业以任何形式允许其他单位或者个人使用本企业的资质证书、营业执照，以本企业的名义承揽工程。
- 《民法典》相关规定：合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。个人与公司签订的协议，只要满足行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律行政法规的强制性规定且不违背公序良俗等条件，即为合法有效。
三、合法的合作方式与建议
- 劳动合同：个人可作为建筑公司的员工，与公司签订劳动合同，参与建筑项目的实施和管理。这种方式确保了合作的合法性，并明确了双方的权利和义务。劳动合同应明确工作内容、工作地点、工作时间、劳动报酬等关键条款。
- 合作协议：在某些情况下，个人可作为建筑公司的合作伙伴或代表，与公司签订合作协议。但协议内容必须符合法律法规的要求，且个人应具备相应的代理权限或资格。合作协议应明确双方的合作方式、权利义务、利益分配等关键条款。
- 遵守法律法规：无论采用何种合作方式，双方都应严格遵守国家法律法规的规定，确保协议内容不违反相关法律的禁止性规定。在签订协议前，双方应充分了解相关法律法规的要求，并寻求专业法律意见以确保合作的合法性。
总结与建议：
个人与建筑公司签订协议的合法性并非一概而论，而是取决于协议的具体内容和双方的资质条件。在签订协议前，双方应充分了解相关法律法规的要求，确保协议内容合法合规。若个人不具备从事特定工作的资质或能力，则应避免签订相关协议以避免法律风险。若双方有意合作，可考虑通过签订劳动合同或合作协议等合法方式明确双方的权利和义务。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。