公司与个人签订施工协议的合法性取决于多个因素，包括施工项目的性质、规模以及合同双方是否具备相应的资质条件。以下是对此问题的详细分析：
一、合法情况
小型零星工程：
- 对于一些规模较小、技术要求不高的零星工程，如家庭装修、小型农田水利修缮等，法律通常允许公司与个人签订施工协议。这些工程对施工资质要求较低，个人凭借自身技能和经验能够完成。
- 示例：某公司请一位有经验的木工个人为其办公室进行简单的装修工作，并签订协议明确工作内容和报酬，这种情况下的合同是合法有效的。
劳务分包形式：
- 如果个人以劳务分包的形式参与施工，即仅提供纯劳务服务，不涉及材料采购、设备租赁等综合性施工内容，此类合同可能有效。
- 注意：公司应确保个人提供的劳务服务符合行业惯例和安全规范，并在合同中明确约定劳务内容、报酬支付方式等关键条款。
二、违法情况
需要资质的工程项目：
- 对于大型建筑工程、市政基础设施工程等特定建设工程，根据我国《建筑法》及相关法律法规规定，承包方必须具备相应的资质等级。个人通常不具备这些法定资质，因此公司与个人签订的此类施工协议会因违反法律强制性规定而无效。
- 示例：某公司与一位无建筑资质的个人签订合同，约定由该个人承包一个商业综合体的建设工程。由于商业综合体建设属于大型建筑工程，需要建筑企业资质，而该个人不具备资质，所以该合同违法无效。
违法转包/分包：
- 如果公司将工程整体转包给无资质个人，属于违法行为，此类合同无效。这不仅违反了法律法规的强制性规定，还可能对工程质量、安全等造成严重影响。
三、合同无效的后果
如果公司与个人之间签订的施工协议被确认为无效，将产生以下后果：
- 合同关系不再存在：当事人不再享有和承担原合同规定的权利和义务。
- 不能实现合同目的：由于合同无效，当事人无法获得预期的法律后果，即合同目的无法实现。
- 损失赔偿：对于因无效合同造成的损失，应根据双方当事人的过错程度和责任大小来确定赔偿数额。这可能需要通过法律途径进行解决，如诉讼或仲裁。
四、建议与总结
- 审查资质：公司在签订施工协议前，应严格审查合作方的资质条件，确保对方具备相应的施工能力和经验。对于需要资质的工程项目，必须选择具备相应资质的企业或组织作为合作方。
- 明确合同内容：合同中应明确约定施工内容、报酬支付方式、质量标准、验收流程等关键条款，并保留履约证据。这有助于在合同履行过程中减少纠纷和争议。
- 风险防范：公司应避免与个人签订包含材料采购、设备租赁等综合性施工内容的合同，以降低法律风险。如果确实需要与个人合作，可以考虑采用“公司+劳务班组”模式，将个人纳入合规管理体系。
综上所述，公司与个人签订施工协议的合法性取决于多种因素。在签订合同时，公司应确保合同主体具备相应的资质条件，并遵循相关法律法规和原则。如果不确定合同的合法性或面临具体的法律问题，可以直接向我咨询以获取准确的法律意见和解决方案。