结论：个人跟建筑公司签订工程承包协议是否合法有效，需根据具体情况判断。一般情况下，若个人不具备相应建筑施工资质，则协议无效；但在特定特殊情况下，协议可能有效。以下为详细分析：
一、一般情况下协议无效的情形
根据《中华人民共和国建筑法》第二十六条的规定，承包建筑工程的单位必须持有依法取得的资质证书，并在其资质等级许可的业务范围内承揽工程。个人通常不具备这些资质，因此，若个人与建筑公司签订工程承包协议，且个人作为承包方没有取得相应的建筑施工企业资质，那么该协议通常会被认定为无效。这是因为建筑工程涉及公共安全和质量等重要问题，国家对建筑施工企业实行严格的资质管理制度，以保障工程质量和施工安全。
举例：若个人张三无任何建筑资质，却与某建筑公司签订协议，承包一栋商业大楼的建设工程，此类协议将因违反法律的强制性规定而被认定为无效。
二、特殊情况下协议可能有效的情形
尽管个人通常不具备签订建筑工程施工合同的资质，但在以下特殊情况下，协议可能被认定为有效：
合法授权：如果个人是以有资质的建筑施工企业的名义签订工程承包协议，并且该企业对个人有合法的授权委托等手续，同时协议内容不违反法律法规的强制性规定，那么这种情况下协议可能是合法有效的。但即便如此，在实际施工过程中也必须严格按照相关规定和企业内部管理要求来执行。
劳务分包合同：个人作为劳务提供者，与建筑公司签订的单纯提供劳务的合同（不涉及工程的主体施工和专业技术管理），在这种情况下，合同可能被认定为有效。例如，个人带领工人提供搬运、辅助性劳务服务等。
实际施工能力且验收合格：虽然个人没有法定的施工资质，但如果其实际上具备完成该工程的能力，并且已经按照合同约定完成了工程建设，且工程通过了相关部门的验收，根据相关司法解释，即使建设工程施工合同无效，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，人民法院一般会予以支持。这体现了法律对实际履行情况的尊重和保护。
三、法律后果与建议
法律后果：若协议被认定无效，根据《民法典》的规定，因该协议取得的财产应予返还；不能返还或无需返还的，应折价补偿。有过错方需赔偿对方损失，双方均有过错则各自承担相应责任。
建议：鉴于工程承包的复杂性和专业性，以及潜在的风险，一般建议由具备相应资质的公司或组织来签订工程承包协议。若个人确实需要参与工程承包，应确保自己具备相应的资质或寻求有资质的企业的合法授权。同时，在签订协议前，务必仔细阅读协议条款，确保协议内容合法合规，并明确双方的权利和义务。
最后，若您在工程承包方面遇到任何法律问题或困惑，欢迎直接向我咨询。我将结合您的具体情况，为您提供专业、全面的法律意见和解决方案。