内部承建协议的合法性需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：

合法情形

1. 符合法律法规规定：如果内部承建协议的内容不违反国家法律法规的强制性规定，比如不涉及非法转包、违法分包等行为，且双方主体适格（例如，具备相应的民事行为能力），意思表示真实（即双方自愿签订，不存在欺诈、胁迫等情形），那么该协议通常是合法的。例如，在一个大型企业内部，为了优化资源配置，提高施工效率，企业决定将某个工程项目的一部分由内部的一个部门来承建，双方签订了内部承建协议，明确各自的权利和义务，这种协议在符合相关法律法规的前提下就是合法的。
2. 符合企业内部规定：有些企业内部有明确的规定，允许在一定条件下进行内部承建，并且制定了相应的管理流程和规范。只要内部承建协议的签订和履行遵循了这些内部规定，那么该协议也是合法的。比如，某建筑企业规定，对于一些小型项目，可以由企业内部有资质的团队进行承建，并明确了承建团队的资质要求、项目审批流程等，只要内部承建协议符合这些要求，就是合法有效的。

违法情形

1. 违反法律法规强制性规定：如果内部承建协议的内容违反了国家法律法规的强制性规定，比如将工程转包给不具备相应资质的单位或个人，或者进行违法分包等，那么该协议就是违法的。例如，一个建筑企业将一个大型工程项目全部转包给一个没有建筑资质的内部团队，这种行为不仅违反了《建筑法》等相关法律法规的规定，而且签订的内部承建协议也是无效的。
2. 损害国家、集体或第三人利益：如果内部承建协议的签订和履行损害了国家、集体或第三人的利益，那么该协议也是违法的。比如，企业内部为了谋取私利，通过内部承建协议将国有资产低价转让给内部人员，这种行为就损害了国家的利益，签订的协议也是无效的。

法律后果

1. 协议无效：如果内部承建协议被认定为违法，那么该协议自始无效，双方当事人不能依据该协议主张权利或履行义务。
2. 承担法律责任：违法签订内部承建协议的当事人可能需要承担相应的法律责任，包括民事责任（如赔偿损失）、行政责任（如罚款、没收违法所得等）甚至刑事责任（如构成犯罪的，依法追究刑事责任）。

建议：在签订内部承建协议前，务必仔细审查协议内容，确保不违反国家法律法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人的利益。同时，建议咨询专业律师，对协议的合法性进行审查，以降低法律风险。如果你有具体的内部承建协议问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。