挂靠公司签订协议时，要确保协议的合法性，需遵循以下关键要点：

一、签约主体资质

• 行为能力与资质：挂靠协议的双方当事人必须具备相应的民事行为能力，并且挂靠方需要拥有进行相关业务所必需的资质证书。例如，在建筑行业中，挂靠方必须拥有符合国家法律法规要求的建筑行业资质，否则所签订的挂靠协议将被视为非法。
• 营业执照与合法性：法人作为签约主体时，必须拥有合法的营业执照，并确保其经营范围与挂靠业务相匹配。

二、协议内容合法性

• 不违反法律法规：挂靠协议的内容必须严格遵守国家法律法规，不得包含任何违法或违规的条款。特别是，在建筑行业中，必须遵守《中华人民共和国建筑法》等相关法规，禁止超越资质等级范围承揽工程，或以任何形式允许其他单位或个人使用本企业的资质证书、营业执照承揽工程。
• 公序良俗：协议内容还需符合公序良俗，不得损害社会公共利益或他人合法权益。

三、意思表示真实

• 自愿与真实：挂靠协议的签订必须是双方自愿、真实的意思表示，不存在任何欺诈、胁迫或误解等情形。双方应充分了解协议内容，并明确各自的权益和义务。

四、明确权利义务与责任承担

• 权利义务清晰：挂靠协议中应明确双方的权利义务，包括被挂靠方提供的资质、管理等具体内容，以及挂靠方的施工范围、质量责任等。
• 责任承担明确：协议还应约定双方在违约、纠纷等情形下的责任承担方式，以避免后续可能出现的纠纷。

五、合同形式与条款完备性

• 合同形式：挂靠协议应采用书面形式，并具备完备的条款，包括但不限于双方基本信息、挂靠事项、权利义务、费用支付、违约责任、争议解决方式等。
• 签字盖章：协议双方应在协议上签字盖章，以确认协议的合法性和有效性。

六、注意事项

• 避免法律风险：在签订挂靠协议时，应谨慎细致，避免潜在的法律风险。特别是要确保协议内容不与强制性法律规定冲突，否则可能导致协议无效或引发法律纠纷。
• 咨询专业人士：如有必要，可以咨询法律专业人士或律师，以确保协议的合法性和有效性。

综上所述，挂靠公司签订协议时，需从签约主体资质、协议内容合法性、意思表示真实、明确权利义务与责任承担、合同形式与条款完备性以及注意事项等多个方面进行综合考虑，以确保协议的合法性和有效性。