挂靠合作协议的合法性需分情况讨论，其效力取决于具体内容及是否违反法律强制性规定。以下从不同角度为你详细分析：
一般情况下的合法性判断
- 合法情形：若挂靠合作协议的内容不违反法律、行政法规的强制性规定，且双方意思表示真实，该协议通常具有法律效力。例如，双方约定合作进行某项合法业务，明确各自的权利义务，且不涉及资质借用、非法转包等违法行为，这样的协议是受法律保护的。
- 违法情形：若挂靠合作协议涉及借用他人资质、非法转包、违法分包等违反法律强制性规定的内容，则该协议无效。比如，在建设工程领域，没有相应资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义承揽工程，这样的挂靠协议就是违法的，无效的。根据《中华人民共和国民法典》第一百五十三条：“违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。但是，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。违背公序良俗的民事法律行为无效。”以及《中华人民共和国建筑法》第二十六条：“承包建筑工程的单位应当持有依法取得的资质证书，并在其资质等级许可的业务范围内承揽工程。禁止建筑施工企业超越本企业资质等级许可的业务范围或者以任何形式用其他建筑施工企业的名义承揽工程。禁止建筑施工企业以任何形式允许其他单位或者个人使用本企业的资质证书、营业执照，以本企业的名义承揽工程。”
挂靠合作协议可能引发的法律后果
- 行政责任：若挂靠行为被查处，相关单位和个人可能会面临行政处罚，如罚款、没收违法所得、责令停业整顿、降低资质等级、吊销资质证书等。
- 民事责任：因挂靠协议无效导致的损失，双方可能需要根据过错程度承担相应的赔偿责任。比如，因挂靠方施工质量问题给发包方造成损失的，被挂靠方和挂靠方可能需要承担连带赔偿责任。
- 刑事责任：在极端情况下，若挂靠行为涉及重大安全事故、行贿受贿等犯罪行为，相关责任人还可能面临刑事追究。
法律建议
- 审慎签订协议：在签订挂靠合作协议前，务必仔细审查协议内容，确保不违反法律强制性规定，明确双方的权利义务，避免潜在的法律风险。
- 咨询专业律师：由于挂靠合作协议涉及复杂的法律关系和较高的法律风险，建议在签订前咨询专业律师，对协议内容进行法律审查，确保协议的合法性和有效性。
- 遵守法律法规：在合作过程中，务必遵守相关法律法规和行业规范，避免进行违法违规行为，以免引发不必要的法律纠纷和损失。
总结来说，挂靠合作协议的合法性并非绝对，而是取决于具体内容及是否违反法律强制性规定。在签订和履行此类协议时，务必谨慎行事，遵守法律法规，如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。