施工挂靠协议在法律上是不合法的。以下从多个角度为你详细分析：
法律定义与性质：
- 施工挂靠，通常指的是没有相应施工资质的单位或个人，通过借用有资质的建筑施工企业的名义，承揽工程并组织施工的行为。这种行为违反了建筑市场的准入制度，破坏了建筑市场的公平竞争秩序。
- 施工挂靠协议，作为挂靠双方之间的约定，其本质是为了规避法律对建筑市场资质管理的规定，因此，从法律性质上讲，这种协议是无效的。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国建筑法》的相关规定，从事建筑活动的建筑施工企业、勘察单位、设计单位和工程监理单位，应当具备相应的资质条件，并在其资质等级许可的范围内从事建筑活动。禁止建筑施工企业以任何形式允许其他单位或者个人使用本企业的资质证书、营业执照，以本企业的名义承揽工程。
- 此外，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》也明确规定，没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义签订的建设工程施工合同，应当依据民法典第一百五十三条第一款的规定，认定无效。
法律后果：
- 由于施工挂靠协议无效，因此，一旦发生纠纷，挂靠双方可能无法依据协议主张权利。例如，如果挂靠方在施工过程中出现质量问题或安全事故，被挂靠方可能因协议无效而无法追究挂靠方的违约责任。
- 同时，挂靠行为还可能面临行政处罚。根据相关法律法规的规定，对于挂靠行为，建设行政主管部门可以责令改正，没收违法所得，并处罚款；情节严重的，还可以吊销资质证书。
实际建议：
- 对于建筑施工企业而言，应当严格遵守建筑市场的准入制度，不得出借资质证书或允许其他单位或个人以本企业的名义承揽工程。
- 对于需要承揽工程的单位或个人而言，应当通过合法途径获取施工资质，或者与有资质的建筑施工企业建立合法的合作关系，共同承揽工程。
总结来说，施工挂靠协议在法律上是不合法的，它违反了建筑市场的准入制度和公平竞争秩序。因此，建议各方在建筑活动中严格遵守相关法律法规的规定，避免涉及挂靠行为。如果你在建设工程领域遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询。