关于建筑公司挂靠协议如何合法的问题，首先需要明确的是，在大多数情况下，建筑领域的挂靠协议在法律上是不被认可的，且存在多重法律风险。以下是对此问题的详细解答：
一、挂靠协议的法律风险
违反法律法规：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。挂靠行为往往违反了这些强制性规定，因此相关协议可能会被认定无效。
- 特别是《中华人民共和国建筑法》第二十六条明确禁止建筑施工企业允许其他单位或个人使用其资质证书、营业执照承揽工程。这表明建筑领域的挂靠行为直接违反了该法，具有明确的违法性。
扰乱市场秩序：
- 挂靠行为破坏了市场的公平竞争环境。挂靠人通过支付费用借用被挂靠人的资质参与市场活动，使得具备相应资质和实力的企业在竞争中可能处于不利地位。
影响工程质量：
- 资质是对企业综合素质的考量，包括人员素质、技术装备、管理水平等。挂靠人往往不具备与所承揽业务相匹配的能力，这可能导致工程质量不达标，进而影响消费者利益和行业声誉。
法律责任不清：
- 在挂靠关系中，实际责任主体不明确。当出现问题时，挂靠人和被挂靠人可能相互推诿责任，给政府监管带来困难，也不利于行业的规范健康发展。
二、司法实践中的处理
在司法实践中，对于挂靠协议无效后的处理，法院会根据具体情况依法对当事人的权利义务进行裁决。例如，根据双方的过错程度确定赔偿责任等，以确保公平合理地解决纠纷。但无论如何裁决，挂靠行为本身都是不被法律所认可的。
三、合法建议
鉴于挂靠协议存在的法律风险和问题，我建议个人和企业不要采取挂靠的方式开展业务或活动。相反，应该通过合法途径获取相应的资质和许可。具体来说：
- 提升自身资质：企业应积极投入资源，提升自身的人员素质、技术装备和管理水平，以满足承揽工程所需的资质要求。
- 合法合作：如果确实需要与其他企业合作，应选择合法、合规的合作方式，如联合体投标、分包等，并确保合作过程中遵守相关法律法规。
- 遵守法律法规：企业和个人应严格遵守国家法律法规，不参与任何违法违规的挂靠行为，以确保自己的合法权益和市场秩序的稳定。
综上所述，建筑公司挂靠协议在法律上通常是不合法的，且存在多重法律风险。因此，建议个人和企业不要采取挂靠的方式开展业务或活动，而应该通过合法途径获取相应的资质和许可。