工程挂靠协议是不合法的，因此也是无效的。下面我将从多个角度为你详细分析：
一、法律明确禁止工程挂靠
《中华人民共和国建筑法》第二十六条明确规定，承包建筑工程的单位应当持有依法取得的资质证书，并在其资质等级许可的业务范围内承揽工程。禁止建筑施工企业超越本企业资质等级许可的业务范围或者以任何形式用其他建筑施工企业的名义承揽工程。同时，也禁止建筑施工企业以任何形式允许其他单位或者个人使用本企业的资质证书、营业执照，以本企业的名义承揽工程。
《建设工程质量管理条例》第二十五条也强调了施工单位应当依法取得相应等级的资质证书，并在其资质等级许可的范围内承揽工程。禁止施工单位超越本单位资质等级许可的业务范围或者以其他施工单位的名义承揽工程，也禁止施工单位允许其他单位或者个人以本单位的名义承揽工程。
二、工程挂靠的危害
工程质量难以保证：挂靠方往往缺乏必要的施工能力、技术和管理经验，可能导致偷工减料、降低标准，使用劣质材料，从而严重影响工程质量，甚至危及公共安全。
扰乱市场秩序：挂靠行为破坏了建筑市场的公平竞争环境，使得有实力的正规企业失去机会，阻碍了行业的健康发展。
引发法律纠纷与经济风险：由于挂靠行为涉及多方主体和复杂的法律关系，一旦出现问题，责任难以厘清，经济损失巨大。挂靠方可能无力承担法律责任，最终累及被挂靠方和其他相关方。
三、法律后果与处罚
行政处罚：对于挂靠行为，相关部门可责令改正、没收违法所得、处以罚款、停业整顿、降低资质等级或吊销资质证书等。这些处罚措施旨在严厉打击挂靠行为，维护建筑市场的秩序和公共安全。
民事责任：因挂靠导致的工程质量问题、安全事故或经济纠纷，挂靠方与被挂靠方均需承担相应的民事赔偿责任。这意味着，即使挂靠协议无效，但一旦发生纠纷或事故，相关责任人仍需承担法律责任。
刑事责任：在情节严重的情况下，挂靠行为可能触犯刑法，构成犯罪，需依法追究刑事责任。例如，如果挂靠行为导致重大安全事故等严重后果，相关责任人可能构成重大责任事故罪、工程重大安全事故罪等罪名。
四、实际施工人的权益保护
尽管挂靠协议无效，但在工程竣工验收合格且符合相关质量标准的前提下，实际施工人（挂靠人）仍有权参照合同约定向被挂靠人主张支付工程价款。这是为了保护实际施工人的合法权益，避免因挂靠协议的无效而使其劳动成果得不到应有的回报。然而，这并不意味着挂靠行为是合法的或值得鼓励的，实际施工人应通过合法途径获取相应的资质和许可，严格遵守相关法律法规和行业规范。
五、建议与对策
严格遵守法律法规：相关单位和个人应自觉遵守建筑法律法规，不参与任何形式的挂靠行为。这是维护建筑市场秩序和公共安全的基本要求。
合法获取资质：通过正当途径申请和提升施工资质，增强自身竞争力。这是参与建筑市场竞争的基础条件。
加强监管与打击力度：政府部门应加大对建筑市场的监管力度，严厉打击挂靠等违法行为，维护市场秩序和公共利益。
综上所述，工程挂靠协议是不合法的，也是无效的。各相关方应提高法律意识，坚守诚信原则，共同营造一个公平、有序、安全的建筑市场环境。如果你有任何关于建设工程领域的法律问题或疑虑，欢迎直接向我咨询。