挂靠公司内部合同的合法性取决于具体行业法律法规的强制性规定以及合同内容是否损害国家利益、社会公共利益。以下从不同角度进行详细分析：
一、挂靠合同的一般原则与合法性判断
根据《民法典》第一百四十三条，有效的民事法律行为需满足行为人具有民事行为能力、意思表示真实、不违反法律行政法规的强制性规定及不违背公序良俗。挂靠合同若违反这些条件，尤其是违反法律行政法规的强制性规定，将被视为无效。因此，在判断挂靠公司内部合同的合法性时，首先要看其是否违反了相关法律法规的强制性规定。
二、不同行业中的挂靠合同合法性分析
建筑领域：
- 《建筑法》第二十六条明确规定禁止建筑施工企业允许其他单位或个人使用其资质证书、营业执照承揽工程。因此，在建筑领域，挂靠合同通常被视为无效合同。即使工程已竣工验收合格，实际施工人可请求参照合同约定支付工程价款，但这并不改变挂靠合同本身的无效性。
- 法律后果：若挂靠人未能履行施工合同义务，发包方有权起诉被挂靠人和挂靠人。被挂靠企业可能需对建设工程质量承担连带责任，甚至面临吊销资质证书的严重后果。
运输行业：
- 在运输行业，车辆挂靠经营较为常见。若挂靠协议符合法律规定，且不违反运输行业管理的相关强制性规定，该协议通常有效。
- 有效性条件：双方权利义务明确约定，符合交通运输管理部门的相关规定，无违反运输资质管理、安全管理等强制性规定的内容。
- 法律后果：若挂靠协议无效且造成损失，责任方需承担相应的民事责任。例如，以挂靠形式从事道路运输经营活动的机动车发生交通事故造成损害，挂靠人和被挂靠人需承担连带责任。
其他领域：
- 对于需要特定许可资质才能从事经营的行业，如医疗、教育等，通过挂靠获取资质开展经营活动的合同往往不被法律认可。因其违反了特定行业的准入和监管规定，可能面临合同无效、行政处罚甚至刑事处罚等法律后果。
三、挂靠合同的法律风险与防范建议
法律风险：
- 合同无效：违反法律强制性规定的挂靠合同自始无效，不能作为解决争议的有效法律依据。
- 责任承担：挂靠人和被挂靠人可能因合同无效而面临民事赔偿、行政处罚甚至刑事处罚等法律责任。
- 市场秩序扰乱：挂靠行为破坏了市场的公平竞争环境，使得具备相应资质和实力的企业在竞争中可能处于不利地位。
防范建议：
- 遵守法律法规：企业和个人应严格遵守相关法律法规和行业规范，不要寻求不合法的途径来承揽项目或业务。
- 合法获取资质：如果需要合作或承揽项目，应该通过正当的方式和途径进行，并确保自身具备相应的资质和资格。
- 咨询专业律师：在涉及挂靠行为时，建议咨询专业律师（即向我咨询）以了解相关法律法规和行业规范，确保合同内容合法合规，降低法律风险。
总结来说，挂靠公司内部合同的合法性需根据具体行业法律法规的强制性规定及合同内容是否损害国家、社会公共利益来判断。在建筑等特定行业，挂靠行为通常被禁止，相关合同无效；而在某些运输行业中，符合管理规定的挂靠协议则可能有效。但无论如何，挂靠行为都存在较大的法律风险，建议企业和个人严格遵守法律法规，通过合法途径获取经营资质和开展业务。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。