员工对公司发函的辞退通知书不认可时，可以采取以下方式回复：
明确表达不认可态度：
- 员工应在收到辞退通知书后，尽快以书面形式（如邮件、信函等）向公司明确表达不认可该辞退决定的态度。回复中应清晰指出辞退通知书中的不合理之处或违法之处，例如辞退理由不充分、程序不合法等。
要求公司说明辞退理由及依据：
- 在回复中，员工可以要求公司详细说明辞退的具体理由及所依据的法律法规或公司规章制度。这有助于员工了解公司辞退的合法性，并为后续可能的法律争议提供证据。
提出异议并寻求协商：
- 员工可以在回复中提出自己对辞退决定的异议，并表达希望与公司进行协商解决的意愿。协商内容可以包括辞退的合法性、经济补偿、离职手续等方面。
准备法律维权：
- 如果公司坚持辞退决定，且员工认为该决定违法或不合理，员工可以开始准备法律维权。这包括收集相关证据（如辞退通知书、工作记录、工资单等）、咨询专业律师（即向我咨询，我专注于劳动纠纷领域，可以为你提供专业的法律意见）、了解劳动仲裁或诉讼流程等。
从法律角度分析，员工不认可辞退通知书时，应注意以下几点：
- 辞退的合法性：公司辞退员工必须符合法律法规的规定，如《劳动合同法》中关于辞退的情形和程序。如果公司辞退员工的行为违反了法律法规，员工有权拒绝接受并寻求法律救济。
- 经济补偿：根据《劳动合同法》的规定，公司辞退员工时，应按照员工的工作年限和工资水平支付经济补偿。如果公司未支付或支付不足，员工有权要求公司补足。
- 离职手续：无论员工是否认可辞退决定，都应按照公司的要求办理离职手续。但员工在办理离职手续时，应注意保留相关证据，以防公司后续以未办理离职手续为由拒绝支付经济补偿或进行其他不当行为。
可能面临的法律后果：
- 如果员工不认可辞退决定并提起劳动仲裁或诉讼，且最终裁决或判决认定公司辞退行为违法或不合理，公司可能需要支付经济补偿、赔偿金等费用，并可能面临行政处罚或声誉损失。
- 如果员工未按照公司要求办理离职手续，且公司能够证明因此遭受了损失，公司可能要求员工承担相应的赔偿责任。但这一要求需符合法律法规的规定，且公司需承担举证责任。
建议：
- 员工在收到辞退通知书后，应尽快咨询专业律师（即向我咨询），了解自己的权利和义务，以及可能的法律救济途径。
- 员工在回复公司时，应保持冷静和理性，避免情绪化或过激的言辞。同时，员工应确保回复内容合法、合规，并保留好相关证据。
- 如果员工决定提起劳动仲裁或诉讼，应按照规定的程序和要求进行，以确保自己的权益得到有效维护。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。