企业项目结束清退员工是否合法，需根据具体情况及法律规定来判断，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：
一、合法清退的情形
根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十条的规定，当劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，且经用人单位与劳动者协商未能就变更劳动合同内容达成协议时，用人单位可以提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后解除劳动合同。企业项目结束，若确实导致原劳动合同无法继续履行，且企业已与员工进行协商但未能达成一致，同时企业按照法律规定提前通知了员工或支付了代通知金，那么这种清退行为是合法的。
举例：某企业因市场变化，决定终止一个长期项目，该项目涉及的员工原本的工作岗位和职责因此消失。企业与这些员工进行了协商，尝试为他们提供其他岗位，但员工不同意。在此情况下，企业提前三十日书面通知了员工，并按照法律规定支付了经济补偿，这种清退行为就是合法的。
二、违法清退的情形
如果企业项目结束并不构成劳动合同无法履行的客观情况，或者企业未与员工进行协商就单方面清退员工，或者未按照法律规定提前通知员工或支付代通知金，那么这种清退行为就是违法的。
举例：某企业因管理不善导致项目亏损，但该项目仍有继续运营的可能。企业为了降低成本，决定清退部分员工。然而，企业并未与员工进行协商，也未提前通知员工或支付代通知金，就直接解除了劳动合同。这种行为就构成了违法清退。
三、合法清退时的注意事项
即使企业项目结束清退员工是合法的，企业也需要注意以下几点，以避免法律纠纷和负面影响：
提前通知与协商：企业应提前三十日以书面形式通知员工，并与员工进行协商，尝试变更劳动合同内容或提供其他岗位。
支付经济补偿：根据员工在本单位的工作年限，企业应按照法律规定支付经济补偿。经济补偿的计算公式为：经济补偿=工作年限×月工资（月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资）。
办理离职手续：企业应要求员工办理工作交接，交还相关资料和设备，并为员工办理档案和社会保险关系转移手续。
人文关怀与过渡支持：企业可以提供职业咨询、简历制作、面试技巧培训等服务，帮助员工顺利过渡到新工作环境。
四、违法清退的法律后果
如果企业违法清退员工，员工有权要求企业继续履行合同或支付双倍赔偿金。同时，企业还可能面临劳动行政部门的处罚和声誉损失。
总结与建议：企业项目结束清退员工是否合法，需根据具体情况及法律规定来判断。企业在清退员工时，应严格遵守法律规定，提前通知、协商、支付经济补偿并办理离职手续。如果企业对清退行为是否合法存在疑问，或者需要具体的法律指导，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。