项目单位进行工程清算，在符合法定条件和程序的情况下是合法的。以下从多个角度为你详细分析：
一、工程清算的合法性基础
工程清算，通常指的是在工程项目完成后，对项目的财务、合同、工程量等进行全面清理和结算的过程。这一过程旨在确保项目的各项费用得到合理支付，合同义务得到履行，从而保障项目各方的合法权益。从法律层面来看，工程清算的合法性主要来源于以下几个方面：
合同约定：工程项目通常通过签订合同来明确各方的权利和义务。合同中往往会规定工程清算的具体条款，包括清算的时间、方式、程序等。因此，项目单位按照合同约定进行工程清算，是履行合同义务的表现，具有合法性。
法律法规：除了合同约定外，国家还制定了一系列与工程建设相关的法律法规，如《中华人民共和国建筑法》、《中华人民共和国合同法》等。这些法律法规对工程清算的程序、要求等进行了规范，为项目单位进行工程清算提供了法律依据。
二、工程清算的合法性条件
虽然项目单位进行工程清算在一般情况下是合法的，但也需要满足一定的条件：
清算程序合法：项目单位在进行工程清算时，必须遵循法律法规和合同约定的程序。例如，清算应当通知所有相关方参与，清算结果应当经过各方确认等。如果清算程序存在瑕疵或违法行为，可能会影响清算的合法性。
清算内容真实准确：工程清算的内容应当真实、准确反映项目的实际情况。包括工程量、费用支出、合同履行情况等。如果清算内容存在虚假或误导性信息，可能会损害相关方的合法权益，从而引发法律纠纷。
清算主体适格：进行工程清算的主体应当是具有相应资质和权限的单位或个人。例如，项目单位应当具有合法的建设资质和清算权限。如果清算主体不适格，可能会导致清算结果无效或被撤销。
三、工程清算不合法的后果
如果项目单位在进行工程清算时违反了法律法规或合同约定，可能会面临以下后果：
法律责任：项目单位可能需要承担因清算违法行为而引发的法律责任，包括民事赔偿、行政处罚等。
合同纠纷：清算违法行为可能会导致项目各方之间的合同纠纷，影响项目的顺利进行和各方关系的和谐稳定。
信誉损失：清算违法行为还可能对项目单位的信誉造成损害，影响其未来的业务发展和市场竞争力。
四、建议
为了确保工程清算的合法性和有效性，我建议项目单位在进行工程清算时：
严格遵守法律法规和合同约定：确保清算程序合法、内容真实准确、主体适格。
加强沟通协调：与项目各方保持密切沟通，确保清算过程透明、公正，避免引发不必要的纠纷。
寻求专业支持：如果项目单位对工程清算的法律程序或内容存在疑问，可以寻求专业律师或咨询机构的支持，以确保清算的合法性和有效性。
如果你在工程清算过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问，我会为你提供专业、全面的解答。