结论前置：在施工合同无效的情况下，结算条款通常仍然有效，这一原则在最高人民法院的相关司法解释中得到了明确体现，主要基于结算条款的独立性和可分割性，以及避免不当得利和恢复原状的需要。
一、法律依据与理论支持
《中华人民共和国民法典》的相关规定：
- 根据《民法典》第五百零七条：“合同不生效、无效、被撤销或者终止的，不影响合同中有关解决争议方法的条款的效力。”结算条款作为合同终止后的善后安排，具有独立性，旨在处理合同履行或解除后的权利义务关系，因此不受合同整体无效的影响。
- 此外，《民法典》第七百九十三条也明确规定：“建设工程施工合同无效，但是建设工程经验收合格的，可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人。”这一条款进一步支持了结算条款在合同无效后的有效性。
最高人民法院的司法解释：
- 最高人民法院在《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》中明确，合同无效后，关于价款结算、违约责任等清理条款仍具约束力。例如，在施工合同无效但工程质量合格的情况下，承包人仍有权依据合同约定主张工程款结算。
二、结算条款有效的理由
独立性与可分割性：
- 结算条款是合同中独立存在的部分，它不依赖于合同的其他条款而存在。即使合同整体无效，结算条款仍然可以独立发挥作用，确保双方当事人的合法权益得到保护。
避免不当得利与恢复原状：
- 若合同无效导致所有条款失效，可能引发当事人拒绝返还财产或赔偿损失的风险，从而违背公平原则。有效的结算条款能确保双方恢复到合同订立前的状态，避免一方因合同无效而获得不当利益。
三、特殊情况下的处理
结算条款本身违法或与主合同不可分：
- 如果结算条款本身涉及非法利益分配（如赌债结算）或严重依赖主合同的有效性（如特定资质许可下的分成协议），则可能被认定无效。在这种情况下，结算条款将无法独立发挥作用。
恶意串通损害第三方权益：
- 如果结算条款用于掩盖非法目的（如转移资产逃避债务），法院将依职权宣告其无效。这是为了保护第三方当事人的合法权益，防止不法分子利用合同无效进行非法活动。
四、实际案例说明
假设某建设工程施工合同因承包人无资质而被认定无效，但工程质量合格。此时，根据最高人民法院的司法解释和《民法典》的相关规定，承包人仍有权依据合同约定主张工程款结算。发包人不得以合同无效为由拒绝支付工程款，否则将构成不当得利。
五、法律建议
在签订合同时明确结算条款：
- 为了确保在合同无效的情况下结算条款仍然有效，双方当事人在签订合同时应明确约定结算条款的内容和效力。这有助于减少争议和纠纷的发生。
在合同无效后及时主张权利：
- 如果合同被认定无效，双方当事人应及时主张自己的权利。承包人可以依据合同约定主张工程款结算；发包人可以要求承包人承担修复费用或赔偿损失等。
寻求专业法律帮助：
- 在处理合同无效和结算条款有效性的问题时，双方当事人可以寻求专业律师的帮助。律师可以根据具体情况提供法律意见和建议，帮助当事人维护自己的合法权益。
综上所述，施工合同无效时结算条款通常仍然有效。这一原则在最高人民法院的相关司法解释和《民法典》中得到了明确体现。在处理此类问题时，双方当事人应明确结算条款的内容和效力，及时主张自己的权利，并寻求专业法律帮助以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。