结论：员工下班后发生交通事故且对方负主责时，公司是否需要赔付主要取决于该事故是否被认定为工伤以及公司是否为员工缴纳了工伤保险。若事故被认定为工伤，公司需按照《工伤保险条例》的规定承担相应赔付责任；若不被认定为工伤，则公司通常无需赔付，但可基于人道主义给予关怀。
详细分析：
工伤认定条件：
- 根据《工伤保险条例》第十四条第六款的规定，员工在上下班途中，受到非本人主要责任的交通事故伤害，应当认定为工伤。在此案例中，由于交通事故是对方主责，员工本人不承担主要责任，因此若事故发生在上下班合理时间、路线上，则符合工伤认定的条件。
工伤赔付责任：
- 若事故被认定为工伤：
- 停工留薪期内待遇：员工因工作遭受事故伤害需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。停工留薪期一般不超过12个月，伤情严重或情况特殊可适当延长，但延长不得超过12个月。
- 工伤赔偿内容：具体的赔付内容和标准会根据当地的工伤保险政策有所不同，但通常包括医疗费用、伤残津贴、一次性工伤医疗补助金等。若公司已为员工缴纳工伤保险，则大部分费用由工伤保险基金支付；若未缴纳，则由公司自行承担。
- 未缴纳工伤保险时的额外责任：如果公司没有依法为员工缴纳工伤保险，那么原本应由工伤保险基金支付的各项工伤待遇，如医疗费、一次性伤残补助金、一次性工伤医疗补助金等费用，都将由公司自行承担。
- 若事故不被认定为工伤：
- 公司通常无需基于工伤进行赔付。但公司可以基于人道主义给予受伤员工一定的关怀和帮助，如提供一定的经济援助或慰问，这并非法律强制要求。
处理流程与注意事项：
- 及时申请工伤认定：员工应在规定时间内（一般为事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，公司应在30日内申报）向社会保险行政部门提出工伤认定申请，以确保自身权益得到保障。
- 交通事故赔偿优先：在实际处理中，员工通常应先按照交通事故责任向对方要求赔偿。对于交通事故赔偿不足的部分，再依据工伤认定结果，按照工伤赔偿程序向公司或工伤保险基金主张权益。
- 保留相关证据：员工应妥善保管医疗费用票据、诊断证明、交通事故责任认定书等关键证据，以便在申请工伤认定和赔偿时使用。
特殊情况说明：
- 如果员工在事故中负有一定责任（但非主责），或者事故并非发生在上下班合理时间、路线上，那么该事故可能不被认定为工伤，公司也就无需承担工伤赔付责任。
- 如果公司存在过错（如提供故障交通工具、未安排合理的上下班路线等），或者公司有相关承诺（如提供额外的员工福利计划或保险政策），则公司可能需承担额外的民事赔偿责任。
建议：
- 对于员工而言，应及时了解自己的权益和应获得的赔偿，积极与公司沟通协商，并按照规定流程申请工伤认定和赔偿。
- 对于公司而言，应积极配合员工进行工伤认定和申请工伤保险待遇，确保员工得到妥善的处理和支持。同时，公司也应加强安全管理，为员工提供安全的上下班环境和交通工具，以降低潜在的风险和成本。
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