核心结论：总包重复支付农民工工资，可通过协商解决、内部追偿程序处理，若无法解决可依法提起民事诉讼，同时需注意保留证据并遵守相关法律规定。以下是具体分析：

1. 协商解决

   • 总包单位在发现重复支付农民工工资后，应首先尝试与农民工进行友好协商。通过沟通，解释重复支付的情况，并请求农民工返还多收的款项。这种方式成本较低，且有助于维护良好的劳动关系。
   • 在协商过程中，总包单位应提供充分的证据证明重复支付的事实，如工资支付记录、银行转账凭证等，以增加协商的成功率。

2. 内部追偿程序

   • 如果协商无果，总包单位可以依据内部财务管理制度或相关合同条款，启动内部追偿程序。这通常涉及对负责工资发放的人员进行追责，并要求其承担因疏忽或错误导致的损失。
   • 内部追偿程序应遵循公平、公正的原则，确保追责过程合法合规，避免对无辜人员造成不公。

3. 依法提起民事诉讼

   • 若内部追偿程序无法解决问题，总包单位可以考虑依法向人民法院提起民事诉讼，要求农民工返还多收的工资。在提起诉讼前，总包单位应收集并整理好相关证据，如工资支付记录、银行转账凭证、协商记录等。
   • 法院将根据事实和法律规定，对案件进行审理并作出判决。如果判决支持总包单位的诉求，农民工需依法返还多收的工资。

4. 注意事项

   • 在处理重复支付工资问题时，总包单位应确保所有操作符合《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规的规定，避免因违法操作而引发新的法律纠纷。
   • 总包单位应加强对工资发放流程的管理和监督，建立有效的内部控制机制，防止类似问题再次发生。例如，可以引入工资支付审核制度，确保每次工资支付都经过严格审核和确认。