总包单位在劳务公司亏钱的情况下，仍需确保农民工工资按时足额支付，可通过直接支付、设立专用账户、监督劳务公司支付、申请政府应急资金或垫付后追偿等方式处理。具体分析如下：

1. 直接支付义务：根据《保障农民工工资支付条例》第三十条，若分包单位（劳务公司）拖欠农民工工资，施工总承包单位（总包）需先行清偿，再依法追偿。这意味着即使劳务公司亏损，总包仍需承担直接支付责任，不得以劳务公司亏损为由拒付工资。

2. 设立工资专用账户：总包应按《条例》第二十六条要求，监督劳务公司开设农民工工资专用账户，并确保工程款中的人工费用单独拨付至该账户。若劳务公司未开设或账户资金不足，总包需直接将工资支付至农民工个人银行账户。

3. 监督与举证责任：总包需留存劳务公司用工管理台账、工资支付表等证据（《条例》第二十八条）。若劳务公司亏损导致欠薪，总包需证明已履行监督义务（如专用账户资金到位、工资发放记录完整），否则可能承担连带责任。

4. 政府应急资金申请：若总包因劳务公司亏损无力支付，可依据《条例》第六十三条，向当地政府申请启用应急周转金，先行垫付部分工资，后续再向劳务公司追偿。

5. 垫付后的追偿权：总包在先行清偿后，可依据《民法典》第五百二十四条，以劳务公司为被告提起追偿诉讼，要求其返还垫付工资及利息。若劳务公司已破产，总包可申报债权参与分配。

建议行动步骤：

1. 立即核查劳务公司工资支付台账，确认欠薪金额及农民工名单；
2. 3日内将人工费用拨付至专用账户，或直接支付至农民工个人账户；
3. 同步向当地人社部门报备，申请启动欠薪应急处置机制；
4. 保留所有支付凭证及劳务公司亏损证据，为后续追偿做准备。

若涉及复杂情况（如劳务公司恶意欠薪、总包与劳务公司结算争议等），可进一步提供细节，我将协助分析具体法律风险及应对方案。